Na stronie internetowej Służby Celnej, w dziale „Systemy Informatyczne/NCTS” opublikowana została „Instrukcja postępowania dla upoważnionych nadawców/odbiorców stosujących Nowy Skomputeryzowany System Tranzytowy NCTS — wersja 2.0”.
Powinna być ona stosowana przez podmioty korzystające z procedury uproszczonej w tranzycie wspólnotowym/wspólnym z dniem doręczenia decyzji o wydaniu pozwolenia lub decyzji zmieniającej wydane wcześniej pozwolenie. Zmieniona instrukcja określa sposób postępowania, zwłaszcza w przypadku awarii systemu, m.in. nakłada na upoważnionych nadawców obowiązek stosowania specjalnego stempla. Tekst dostępny jest pod adresem: www.mf.gov.pl/_files_/sluzba_celna/sys_informatyczne/inst_ncts.pdf.