Na pierwszy rzut oka unijny kodeks celny, wprowadzony rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) nr 952/2013 z 9 października 2013 r. i stosowany od 1 czerwca 2016 r., szerzej niż poprzedni podchodzi do pozwoleń celnych. Ale lista dziedzin objętych pozwoleniami jest podobna. Nadal pozwolenia są wymagane, aby realizować procedury uproszczone: zgłoszenie lub wpis do rejestru zgłaszającego (dawniej uproszczenie to nosiło nazwę procedury w miejscu).
Pozwoleń wymagają procedury specjalne, wcześniej zwane gospodarczymi. To uszlachetnianie czynne i bierne, odprawa czasowa, procedura końcowego przeznaczenia i składowanie w składach celnych i wolnych obszarach celnych.
Nowy kodeks wprowadza duże zmiany dotyczące certyfikacji i przyznawania statusów AEO. Zmieniono nazwę tego specjalnego statusu — zamiast świadectwa AEO jest pozwolenie AEO. Ważniejsze jednak, że wszystkie świadectwa AEO organy celno-skarbowe muszą ponownie ocenić do końca kwietnia 2019 r., biorąc pod uwagę dodatkowe kryteria. Chodzi np. o kompetencje lub kwalifikacje zawodowe osób odpowiedzialnych za sprawy celne lub nowe kryterium zgodności z przepisami podatkowymi. Ponowna ocena świadectw AEO będzie przeprowadzana przez organ celny właściwy ze względu na siedzibę firmy.
Ponownie mają być też ocenione wydane przed 1 maja 2016 r. pozwolenia na stosowanie procedur uproszczonych w przywozie, wywozie oraz obejmujące uproszczenia w obsłudze tranzytów upoważnionych odbiorców i nadawców. Ta ponowna ocena nastąpi nie wcześniej niż zakończenie ponownej oceny AEO. Nowych pozwoleń wymagają miejsca do przedstawiania towarów — również wskazane w starych pozwoleniach na procedury uproszczone.
Unijny kodeks celny wprowadza bardzo niekorzystne dla przedsiębiorców zmiany w postaci obowiązku składania zabezpieczenia przy stosowaniu procedur specjalnych, w tym składu celnego. Zabezpieczenia wymaga również posiadanie miejsca uznanego do przedstawiania towarów. Obowiązek ten jest nieco złagodzony poprzez możliwość uzyskania pozwolenia na obniżenie wysokości lub zwolnienie z obowiązku złożenia zabezpieczenia. Niestety, warunki do znacznego obniżenia lub zwolnienia będą trudne w realizacji. Od uzyskania pozwolenia zależy stosowanie tzw. zabezpieczenia generalnego, które jest wykorzystywane przez podmioty regularnie dokonujące zabezpieczania długu celnego.
Podsumowując: od maja 2016 r. trwa gruntowna wymiana wszystkich pozwoleń celnych. Operacja, która znacząco absorbuje przedsiębiorców i służby celno- -skarbowe, powinna się zakończyć do 30 kwietnia 2019 r.