Przedsiębiorcy negatywnie oceniają pomysł przekształcenia izb skarbowych i podległych im urzędów w jedną jednostkę budżetową, stanowiącą urząd — co przewiduje projekt nowej struktury organizacyjnej tych organów.
W ocenie Pracodawców RP, proponowany przez Ministerstwo Finansów model organizacyjny nie daje gwarancji niezależności organów orzekających w różnych stadiach postępowania podatkowego. Krytycznie odnosi się też do niego Krajowa Rada Sądownictwa (KRS). Funkcję kierownika jednostki miałby pełnić dyrektor izby, która pełniłaby rolę pracodawcy osób w niej zatrudnionych.
Według KRS, planowane zmiany mogą naruszać podstawowe standardy postępowania podatkowego, a nawet postanowienia konstytucji, gdyż może dojść do naruszenia zasady dwuinstancyjności.