Tylko w toku II rundy naboru wniosków w ramach Działania 4.4 Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka w minionym roku złożono 400 wniosków o dofinansowanie projektów inwestycyjnych z funduszy UE. Blisko 300 spośród złożonych wniosków spotkało się z odmową przyznania wsparcia. Często były to przemyślane, dobrze rokujące projekty.
W przypadku odmowy przyznania dotacji warto rozważyć wszczęcie procedury odwoławczej, tym bardziej że nowa perspektywa budżetowa na lata 2014-20 przewiduje mniejszą liczbę instrumentów dotacyjnych. Ogólne zasady udzielania wsparcia określa ustawa o zasadach prowadzenia polityki rozwoju. Zgodnie z ustawą w przypadku negatywnej oceny projektu wnioskodawcy przysługuje środek odwoławczy (protest). Negatywne rozpatrzenie protestu nie musi oznaczać pogrzebania szans na otrzymanie dotacji. Po wyczerpaniu drogi odwoławczej przewidzianej programem operacyjnym wnioskodawcy przysługuje prawo złożenia skargi do sądu administracyjnego.
Przepisy dotyczące instrumentów wsparcia (w tym np. określające kryteria ocen) często są nieprecyzyjne, niejasne lub wieloznaczne. Jeśli nałożyć na to subiektywny, ocenny charakter kryteriów wyboru projektów ubiegających się o dofinansowanie (np. „innowacyjność” czy „wdrażalność”), to brak sądowej kontroli postępowania oznaczałby samowolę urzędników. Ocena instytucji powinna być swobodna, ale oparta na racjonalnych przesłankach. W praktyce często dopiero postępowanie przed sądem administracyjnym pozwala usunąć nieprawidłowości, jakie popełniono w procesie oceny. Postępowanie sądowe w przypadku spraw tego rodzaju jest szybkie (rozprawy wyznaczane są w ciągu 30 dni).
Inaczej niż standardowo, skargę wnosi się bezpośrednio do sądu. To wymusza kolejną odmienność proceduralną — skargę należy złożyć wraz z kompletną (nierzadko liczącą kilkaset stron) dokumentacją w sprawie (w oryginale lub w uwierzytelnionej przez prawnika kopii). Pozytywne rozpatrzenie skargi oznacza „powrót do gry”. Po rozpatrzeniu skargi sąd może stwierdzić, że ocena projektu została przeprowadzona w sposób naruszający prawo, i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez instytucję. Ta zaś, w toku ponownej oceny, jest związana oceną prawną sądu oraz wskazaniami co do dalszego postępowania. W konsekwencji, uzyskanie pozytywnego orzeczenia pozwala oczekiwać pozytywnej rekomendacji projektu, a docelowo przyznania wsparcia finansowego na jego realizację (o ile alokacja środków finansowych w ramach programu nie zostanie wyczerpana).
Konieczność prowadzenia procedury odwoławczej oznacza naturalnie opóźnienie realizacji projektu.
Jeśli zestawić jednak wnioskowaną kwotę dotacji (często rzędu kilkudziesięciu milionów złotych) z kosztami postępowania (skarga podlega opłacie w kwocie 200 zł), to decyzja dotycząca wniesienia skargi jest oczywista (zwłaszcza w przypadku programów, w których nie przewiduje się kolejnych naborów wniosków).