Do obsługi handlu e-commerce niezbędne są odpowiednie systemy składowania i kompletowania inne niż w logistyce kontraktowej. Inny jest też sposób dostawy do klienta końcowego. Przeważnie paczka musi być dostarczona w określonym przedziale czasu. W dostawach do klienta końcowego możliwe są dwa wyjścia: współpraca z wyspecjalizowanymi firmami kurierskimi lub rozwój własnej dostawy paczek. Te same wyzwania stoją przed sieciami handlowymi, które obsługują magazyny, centra dystrybucyjne i realizują dostawy.
Największym jednak wyzwaniem stojącym przed łańcuchami dostaw i związanym z rozwojem sektora e-commerce jest właściwa komunikacja między jego uczestnikami, dostęp do aktualnych danych i statusów oraz dostawa na czas towaru do klienta końcowego. Wydaje się to oczywiste, ale pociąga za sobą wiele działań, które muszą być każdego dnia realizowane przez uczestników łańcucha dostaw. Często o zamówieniu towaru przez klienta decyduje nie tylko cena, ale i dostępność i szybka dostawa. Nawet przy kompleksowych złożonych projektach, bazując na nowoczesnych rozwiązaniach logistycznych, można bardzo elastycznie dopasować łańcuch logistyczny do potrzeb firm.