Mają one m.in. poprawić gospodarowanie wodami i zwiększyć bezpieczeństwo przeciwpowodziowe. Ich stworzenie wynika z konieczności wdrożenia Ramowej Dyrektywy Wodnej.

Celem masterplanów jest osiągnięcie i utrzymanie dobrego stanu oraz potencjału wód; zapewnienie dostępu do ich zasobów; ograniczenie negatywnych skutków powodzi i suszy oraz minimalizowanie ryzyka wystąpienia sytuacji nadzwyczajnych; wdrożenie systemu zintegrowanego zarządzania zasobami wodnymi.
Stanisław Gawłowski, wiceminister środowiska, wytłumaczył, że po przyjęciu tych dokumentów każdy projekt, np. inwestycyjny, będzie analizowany co do zgodności z Ramową Dyrektywą Wodną.