Krakowski Comarch wygrał w Naczelnym Sądzie Administracyjnym sprawę przeciwko Izbie Skarbowej o naliczenie podatku dochodowego od zwiększenia wartości nominalnej akcji poprzez przesunięcie środków z kapitału zapasowego na zakładowy. Przed wejściem na GPW w 1999 r. integrator dwukrotnie podniósł kapitał z 3 do 7 mln zł właśnie poprzez taki zabieg księgowy. Fiskus natomiast potraktował to jako dochód spółki i obciążył podatkiem ponad 0,6 mln zł. NSA uchylił tą decyzję, dzięki czemu krakowska spółka odzyska pieniądze.