Chociaż obowiązkowego uczestnictwa w Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF) firmy doświadczają w praktyce zaledwie od miesiąca, skarbówka już wydała pierwsze indywidualne interpretacje w sprawach rozliczeń podatkowych, na które objęcie przedsiębiorcy tym systemem ma istotny wpływ. Do takich należą np. wykładnie dotyczące skutków otrzymania od kontrahenta faktury wystawionej poza KSeF. Z informacji ekspertów Grant Thornton wynika, że organy podatkowe zajmują w tych sprawach stanowisko korzystne dla podatników.
Okres przejściowy
Na razie, od 1 lutego tego roku, do przesyłania faktur między firmami za pośrednictwem KSeF są zobowiązane największe podmioty. Mniejsze też powinny już tą drogą je odbierać, jeśli są kontrahentami tych dużych przedsiębiorców, co nie dla wszystkich jest tak oczywiste. Wątpliwości i problemów z praktycznym stosowaniem procedur tego systemu jest znacznie więcej, ale resort finansów postanowił 2026 r. uznać za okres przejściowy, co ma oznaczać brak kar za błędy lub niedopatrzenia związane z objęciem podatników nowymi obowiązkami.
– Taki okres przejściowy może zostać przeznaczony na spokojne wdrażanie się w system, testowanie go i naukę działania w nowej rzeczywistości – komentuje Kamila Cieszkowska, właścicielka biura rachunkowego, ekspertka SaldeoSMART.
Przypomina jednak, że sytuacja zmieni się w 2027 r. Kary będą nakładane przede wszystkim w trzech przypadkach: wystawienia faktury w programie niedostosowanym do wymogów KSeF, wystawienia faktury niezgodnej ze schematem oraz przesłania faktury do KSeF z opóźnieniem.
– Przedsiębiorcy i księgowi muszą pamiętać, że wystawienie faktury poza systemem będzie traktowane jak poważne naruszenie – przestrzega ekspertka.
Koszty podatkowe
Wysłanie faktury kontrahentowi inną drogą niż przez KSeF oznacza jednak problem nie tylko dla ich wystawcy, ale przede wszystkim dla odbiorcy. Jest dla niego dowodem poniesienia określonych wydatków związanych z prowadzoną działalnością i które zgodnie z prawem podatkowym może uwzględnić w kosztach uzyskania przychodów, po spełnieniu określonych warunków. Stąd m.in. pytania do organów skarbowych o to, czy pozwala na to otrzymanie faktury przekazanej inaczej niż przez KSeF.
Stanowisko fiskusa w tej sprawie jest korzystne dla firm. W każdym razie takie zajmuje w interpretacjach sporządzonych na indywidualne wnioski podatników. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (KIS) potwierdza w wydanych wykładniach prawo do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków udokumentowanych fakturami wystawionymi poza obowiązkowym KSeF.
Jak informuje Bernard Szwed z sekcji bieżącego doradztwa podatkowego w Grant Thornton, takie stanowisko dyrektor KIS zajął m.in. w interpretacjach indywidualnych z 28 stycznia 2026 r. (o sygnaturach: 0111-KDIB1-1.4010.1.2026.1.LG oraz 0111-KDIB1-1.4010.18.2026.1.LG). Sprawy te dotyczyły spółek, które od 1 lutego podlegają KSeF i nie miały pewności czy niewywiązywanie się dostawcy z obowiązku wystawiania faktur w systemie KSeF stanowi przeszkodę do zaliczania wydatków wynikających z tych faktur do kosztów podatkowych. W swoich wnioskach o wydanie interpretacji oceniły, że niezależnie od powodów takiego działania ich kontrahentów, nie powinny tracić prawa do rozliczenia kosztów zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (CIT).
Dyrektor KIS uznał tę argumentację za prawidłową. W wydanych interpretacjach stwierdził, że ustawa o CIT nie zawiera żadnych dodatkowych regulacji ograniczających możliwość zaliczania do kosztów uzyskania przychodów wydatków na podstawie faktur wystawionych poza systemem KSeF. W konsekwencji, jeżeli dokumentują one rzeczywisty przebieg zdarzeń gospodarczych, to spełniają warunki wskazane we wspomnianym przepisie. Organ przypomniał przy tym, że wydatki te nie mogą należeć do katalogu wyłączeń z tego prawa określonym w art. 16 ust. 1 ustawy o CIT.
Odliczanie VAT
Z wystawianiem faktur poza KSeF wiążą się też wątpliwości co do uprawnień przy rozliczaniu podatku od towarów i usług (VAT). Niepewność podatników dotyczy m.in. prawa do odliczenia VAT naliczonego na takich fakturach czy możliwości rozliczenia tego podatku za okres, w którym faktycznie je otrzymają.
Pierwsze, nieliczne interpretacje podatkowe odnoszące się do tych wątpliwości potwierdzają prawo podatnika do odliczenia VAT naliczonego z faktur otrzymanych poza KSeF. Na razie w tym zakresie stanowiska skarbówki są jednolite.
– Ze względu na złożoność wielu kwestii związanych z rozliczaniem VAT i wywiązywaniem się z obowiązków wynikających z wprowadzenia KSeF na stanowisko organów podatkowych trzeba będzie jednak jeszcze poczekać – zauważa Bernard Szwed.
Przypomina też, że interpretacja podatkowa pełni funkcję ochronną jedynie w zakresie zgodnym ze stanem faktycznym przedstawionym we wniosku o jej wydanie. Organ podatkowy rozpatruje je w granicach pytań zadanych przez wnioskodawcę.
– Prawidłowe przygotowanie wniosku o interpretację jest kluczowe dla uzyskania interpretacji indywidualnej, która będzie stanowiła realną ochronę dla rozliczeń podatnika – podkreśla przedstawiciel Grant Thornton.