Następcą Kaczmarka został dotychczasowy szef BBN Władysław Stasiak.
Kaczmarek w specjalnym oświadczeniu przesłanym PAP zaprzeczył, by był źródłem przecieku. "W sprawie dotyczącej operacji specjalnej prowadzonej przez Centralne Biuro Antykorupcyjne jest wiele niejasności. W kręgu podejrzanych znajdują się również inni ministrowie" - podkreślił.
Zaznaczył też, że "pod kierownictwem ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobro nie ma szans na wyjaśnienie tej sprawy". "Niezbędne jest powołanie Sejmowej Komisji Śledczej" - dodał b. minister.
Akcja CBA zakończyła się zatrzymaniem i aresztowaniem dwóch osób oraz dymisją Andrzeja Leppera. Śledztwo w sprawie przecieku, który spowodował jej przerwanie, bo nie doszło do kontrolowanego wręczenia łapówki, prowadzi Prokuratura Okręgowa w Warszawie.
Premier mówiąc o okolicznościach odwołania Kaczmarka podkreślił, że we wtorek pojechał specjalnie do Warszawy, żeby przeprowadzić z nim rozmowę. "W trakcie tej rozmowy zostałem wprowadzony w błąd. Pytałem o pewne sprawy, o pewne fakty, które znałem i zostały mi te fakty inaczej przedstawione, niż z całą pewnością zostało to ustalone" - powiedział Kaczyński. "Chciałem się przekonać, czy jest szczery i czy mówi prawdę, bo gdyby mówił prawdę, to przekonałbym się, poczekałbym z tą decyzją" - podkreślił.
Premier zaznaczył też, że ta dymisja jest dla niego osobiście przykra. "Kaczmarek należał do ekipy, która się uformowała, gdy ministrem sprawiedliwości był obecny prezydent i chociaż nie poszedł z nami do parlamentu, pozostał w prokuraturze i także za rządów pana Leszka Millera pełnił eksponowane stanowisko, to mieliśmy do niego zaufanie. To zaufanie - chociaż nie chcę tego teraz ostatecznie rozstrzygać - zostało nadużyte i to nadużyte niezwykle wręcz drastycznie" - dodał Jarosław Kaczyński.
Sam Kaczmarek w rozmowie z Newsweekiem podkreślił, że decyzja o jego odwołaniu była dla niego ogromnym zaskoczeniem. Jeszcze we wtorek podczas rozmowy z premierem miał być bowiem zapewniony, że pozostaje na stanowisku szefa MSWiA i w tym przekonaniu wyjechał z rodziną na urlop do Włoch. "O samej dymisji dowiedział się krótko przed ogłoszeniem decyzji przez premiera" - napisał tygodnik.
Według Newsweeka, do dziennikarzy od kilku dni z resortu sprawiedliwości, nieoficjalnie docierały "coraz bardziej fantastyczne opowieści o okolicznościach i roli, jaką miał odegrać Kaczmarek w sprawie przecieku". "Były minister przyznał nam, że słyszał różne plotki i sam prosił prokuraturę o ich sprawdzenie. Jedna z nich mówiła o wspólnej kolacji byłego ministra m.in. z prezesem PZU Jaromirem Netzlem i komendantem głównym policji Konradem Kornatowskim. Śledczy podejrzewali, że wówczas rozmawiano o akcji CBA i dzięki temu informacja dotarła do Leppera" - napisał tygodnik. Zaznaczył też, że Kaczmarek zaprzeczył tym informacjom.
Kaczmarek został szefem MSWiA po tym jak z funkcji tej odwołany został Ludwik Dorn. Przyczyną tamtej dymisji - jak tłumaczył sam Dorn - była jego odmienna od premiera opinia w sprawie resortowej. Nieoficjalnie mówiło się jednak, że było to spowodowane złym przebiegiem współpracy pomiędzy Dornem a ministrem sprawiedliwości Zbigniewem Ziobro.
Janusz Kaczmarek przed objęciem stanowiska ministra SWiA był prokuratorem krajowym. W latach 1988-93 pracował w Prokuraturze Rejonowej w Gdańsku, a od 1991 pełnił w niej funkcję zastępcy prokuratora rejonowego. Od 1993 r. do 2000 r. był szefem Prokuratury Rejonowej w Gdyni, po czym został prokuratorem okręgowym w Gdańsku.
Gdy ministrem sprawiedliwości został Lech Kaczyński, w 2001 r. Kaczmarek został powołany na funkcję zastępcy prokuratora generalnego. Nadzorował wtedy najpoważniejsze śledztwa. Jedno z nich - w sprawie Centrozapu, w ramach którego, na polecenie prokuratury zatrzymano oficera katowickiej delegatury Urzędu Ochrony Państwa - wywołało konflikt między kierowanym przez Kaczyńskiego resortem, a koordynatorem służb specjalnych Januszem Pałubickim i ministrem SWiA Markiem Biernackim. Ówczesny premier Jerzy Buzek odwołał wówczas Kaczyńskiego z funkcji ministra.
Po odejściu Kaczyńskiego z rządu, od sierpnia 2001 r. Kaczmarek został wicedyrektorem Biura Postępowania Przygotowawczego Prokuratury Krajowej.
Po objęciu władzy przez ekipę Leszka Millera, Kaczmarek, będący nominalnie prokuratorem Prokuratury Krajowej, w 2002 roku został przesunięty na stanowisko prokuratora apelacyjnego w Gdańsku.
Do "krajowej" Kaczmarek wrócił jesienią 2005 r. Na
wniosek Zbigniewa Ziobry 31 października 2005 r. premier Kazimierz Marcinkiewicz
powołał go na stanowisko Prokuratora Krajowego.