PKP CARGO dostosowuje swoją strukturę do wyzwań rynkowych. Działając na konkurencyjnym rynku, na którym usługi świadczy 60 przewoźników musi wykazywać się elastycznością mimo ogromnej skali działania. Dlatego spółkapołączyła większe zakłady z mniejszymi i w miejsce 10 powstało 7 jednostek. Firma stawia nie tylko na uproszczenie struktur organizacyjnych, ale i poprawę zarządzania swoimi zasobami.
Oprócz pionizacji — powszechnego w nowoczesnych firmach sposobu zarządzania, PKP CARGO wprowadziło nowy system zarządzania przy liniach napraw taboru — Lean Management, znany m.in. z japońskiej Toyoty, który ma na celu przyśpieszenie produkcji i podwyższenie standardu pracy. Efekty są bardzo obiecujące — wydajność w niektórych jednostkach wzrosła o nawet kilkadziesiąt procent.