Najwyższa Izba Kontroli oceniła próbę urynkowienia szpitali klinicznych, polegającą na przekształceniu w samodzielne podmioty i uniezależnieniu od akademii medycznych. Według NIK, zabrakło właściwych rozwiązań prawnych, a przeciwne usamodzielnianiu były uczelnie.
Zmiana formy prawnej szpitali nie poprawiła ich kondycji. W ciągu I półrocza 2001 wartość nowych zobowiązań placówek sięgnęła 258 mln zł. Z naruszeniem prawa wydano ponad 8 mln zł. Wartość innych nieprawidłowości sięgnęła 18 mln zł. W lipcu 2001 r. szpitale kliniczne wróciły pod skrzydła uczelni, co jeszcze bardziej ograniczyło ich samodzielność.