PKP PLK zamierza również zmodernizować kilka węzłów kolejowych, w tym poznański i warszawski. W Poznaniu prędkości przejazdu pociągów mają się nie zmienić, natomiast dzięki nowemu systemowi sterowania ruchem, ma być zwiększona przepustowość węzła.
W Warszawie planowana jest przebudowa stacji Warszawa Gdańska, przystanku Warszawa Stadion i modernizacja tunelu średnicowego.
Do roku 2010 może być uruchomione połączenie kolejowe lotniska na Okęciu z Modlinem.
PKP PLK zamierzają również zmodernizować Centralną Magistralę Kolejową. Harmonogram przewiduje wykonanie do 2010 roku dokumentacji i rozpoczęcie robót około 2012 roku. Po 2015 roku przewidywane jest wdrożenie prędkości 300 km na godzinę. PKP PLK maj na to pieniądze z Funduszu Spójności.
Prezes PKP SA Andrzej Wach powiedział, że w Polsce są 72 duże dworce
kolejowe, każdy z nich obsługuje powyżej 1 mln pasażerów rocznie. W ciągu
najbliższych pięciu lat 10-15 proc. dużych dworców ma być zmodernizowanych. Do
2012 roku na dworce zostanie przeznaczone 1,5 mld zł. (PAP)