W ostatnim czasie pojawiły się dwa wyroki wojewódzkich sądów administracyjnych (WSA) rozstrzygające kwestię wykładni przepisów przejściowych w zakresie traktowania spółek komandytowo-akcyjnych (SKA), jako podatników podatku dochodowego od osób prawnych. Składy orzekające WSA w Gdańsku w wyroku z 9 lipca 2014 r. (sygn. akt I SA/Gd 650/14) oraz WSA w Bydgoszczy w wyroku z 15 lipca 2014 r. (sygn. akt I SA/Bd 694/14) odrzuciły poglądy ministra finansów i uchyliły interpretacje będące przedmiotem skarg. Tym samym potwierdziły, że SKA mają prawo kontynuować rozpoczęty przed zmianą przepisów rok obrotowy, pomimo że w gronie ich wspólników znajdują się osoby fizyczne.
Od początku 2014 r. SKA stały się podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych. Jednakże, za sprawą przepisów przejściowych, te spółki, których ustalony statutowo rok obrotowy nie pokrywa się z rokiem kalendarzowym i trwa jeszcze po 31 grudnia 2013 r., aż do zakończenia zmienionego roku obrotowego, nie są objęte nowym reżimem prawnym. Staną się podatnikami CIT dopiero wraz z rozpoczęciem ich następnego roku obrotowego. Z możliwości wydłużenia okresu, w którym można czerpać profity z transparentnych podatkowo spółek, skorzystało wielu podatników, podejmując kroki w celu odpowiedniej zmiany statutów SKA.
Jednak zgodnie ze stanowiskiem dyrektorów izb skarbowych wydających indywidualne interpretacje podatkowe omawiana regulacja nie ma zastosowania do SKA, których co najmniej jednym ze wspólników jest osoba fizyczna. Pogląd ten został wyrażony w wielu interpretacjach. Wskazuje się w nich, że w odniesieniu do osób fizycznych stosować można jedynie rok podatkowy, który zgodnie z Ordynacją podatkową pokrywa się z rokiem kalendarzowym. Zdaniem organów podatkowych, wynika to z faktu, że opodatkowanie osób fizycznych normuje ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych, która nie zawiera w tej kwestii odrębnych przepisów. Ponadto, w wydanych interpretacjach pojawia się twierdzenie, że dla omawianego problemu bez znaczenia jest przepis ustawy o rachunkowości, który dopuszcza ustanowienie w umowie lub statucie SKA roku obrotowego niepokrywającego się z rokiem kalendarzowym. Organy twierdzą, że ustawa o rachunkowości nie jest ustawą podatkową i przez to nie może zawierać odmiennych zasad w przedmiocie określenia roku obrotowego niż rok, który w świetle ustawy podatkowej jest rokiem podatkowym.
Taka interpretacja wzbudza uzasadnione wątpliwości, chociażby ze względu na wyraźne brzmienie spornego przepisu przejściowego, który wprost odnosi się zarówno do podatników podatku dochodowego od osób fizycznych, jak i podatku dochodowego od osób prawnych. Poza tym, stanowisko takie uniemożliwia zastosowanie przepisów przejściowych wobec dużej liczby SKA i przez to czyni ten przepis martwym w stosunku do wielu podatników.
Należy mieć nadzieję, że zapoczątkowana przez WSA linia orzecznicza będzie kontynuowana w orzeczeniach wydawanych przez kolejne sądy, co w konsekwencji powstrzyma ministra finansów przed wydawaniem w tej kwestii niekorzystnych dla podatników interpretacji.