Sąd Najwyższy orzekł, że fiskus nie może żądać opłaty skarbowej od umowy pożyczki podlegającej ustawie o podatku od towarów i usług (VAT).
13 grudnia 2001 r. Sąd Najwyższy wydał wyrok, w którym stwierdził, że od zawartej umowy pożyczki, podlegającej przepisom ustawy o VAT, urzędy skarbowe nie mają prawa żądać opłaty skarbowej. Sędziowie argumentowali, że w takim przypadku nie ma znaczenia, czy podatnik zapłacił podatek VAT, czy też został z niego zwolniony. W obu tych sytuacjach fiskus nie może żądać wniesienia opłaty skarbowej.
Urząd skarbowy domagał się od przedsiębiorcy uiszczenia opłaty skarbowej od zawartej przez niego umowy pożyczki. Przedsiębiorca kwestionował obowiązek wniesienia tej opłaty powołując się na fakt, że zawarta przez niego umowa pożyczki podlega przepisom ustawy o podatku VAT. Odwołał się do izby skarbowej. Jednak izba skarbowa poparła stanowisko urzędu skarbowego. W tej sytuacji przedsiębiorca wniósł skargę do Naczelnego Sądu Administracyjnego.
To odwołanie również nie odniosło rezultatu. NSA wydał wyrok na korzyść izby skarbowej. Od tego rozstrzygnięcia rewizję nadzwyczajną do Sądu Najwyższego wniósł I Prezes Sądu Najwyższego. Po rozpatrzeniu sprawy SN zajął stanowisko odmienne niż izba skarbowa i NSA.
— Naczelny Sąd Administracyjny nie rozważył dokładnie wzajemnych relacji między przepisami ustawy o VAT a przepisami ustawy o opłacie skarbowej — mówi Jerzy Kwaśniewski, sędzia Sądu Najwyższego.
Z tych względów Sąd Najwyższy uchylił zaskarżony wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia NSA.
Dotychczas obowiązujące przepisy nieprecyzyjnie określały przypadki, w których nie należy pobierać opłaty skarbowej. Problem powstał z chwilą wejścia w życie ustawy z 1993 roku o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Od tego momentu niektóre umowy cywilne, m.in. umowa pożyczki, mogły podlegać przepisom o podatku VAT. Jednak nie było pewności, czy w takim przypadku fiskus ma prawo pobierać także opłatę skarbową. Przepisy tego nie rozstrzygały. Z kolei sądy w tej kwestii nie były jednomyślne.
Wiele wątpliwości rozwiała dopiero ustawa o podatku od czynności cywilnoprawnych, która weszła w życie 1 stycznia 2001 r. Zgodnie z przepisami tej ustawy, wyłączone spod opodatkowania opłatą skarbową są czynności cywilnoprawne, jeżeli przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności została obciążona podatkiem VAT lub uzyskała zwolnienie z VAT.