W ostatnim kwartale Pekaes rozpoczął proces restrukturyzacji. Na przełomie lipca i sierpnia cały tabor i nieruchomości zostały przeniesione do spółki Pekaes Multi-Spedytor, która jest obecnie główną spółką operacyjną grupy. W tym czasie ujednolicono także zarządy tych dwóch firm oraz Pekaes Transport. Następnie uruchomiono system centralnego zarządzania flotą oraz poprawiono działalność sieci drobnicowej — czterokrotnie spadła liczba spóźnień. Grupa oszczędziła 2 mln zł m.in. dzięki renegocjacji polis ubezpieczeniowych taboru. We wrześniu wybrała Towarzystwo Funduszy Inwestycyjnych Skarbiec, które utworzy zamknięty fundusz inwestycyjny nieruchomości pod projekty developerskie Pekaesu. Obecnie trwają końcowe prace nad strategią na lata 2007-09 i połączeniem spółek serwisowych.