Zgodnie z unijnym prawem, działalność przewozowa musi być oddzielona od zarządzania infrastrukturą. Dlatego w 2013 r., przed IPO, PKP Cargo wydzieliły bocznice i terminale do spółki Cargotor.
Wreszcie będzie ona działać legalnie, bo właśnie otrzymała z Urzędu Transportu Kolejowego (UTK) autoryzację bezpieczeństwa. — Potwierdza to, że stworzyliśmy system zarządzania bezpieczeństwem, który zapewni niezakłócone funkcjonowanie spółki i pozwoli na wywiązywanie się ze wszystkich obowiązków — zapewnia Artur Kostowski, prezes Cargotoru.
Brak autoryzacji od wielu miesięcy niepokoił branżowe organizacje — Izbę Gospodarczą Transportu Lądowego, Związek Niezależnych Przewoźników Kolejowych oraz Fundację ProKolej. Rozważały one nawet poinformowanie Europejskiej Agencji Kolejowej, że Cargotor działa, nie mając dokumentów potwierdzających bezpieczeństwo. Kontrolę w sprawie naruszenia przepisów dotyczących bezpieczeństwa transportu kolejowegow lipcu ubiegłego roku wszczął także UTK. W grudniu ubiegłego roku, czyli ponad rok od powstania, Cargotor złożył jednak wreszcie wniosek o przyznanie autoryzacji. Przedstawiciele spółki tłumaczą, że przed wystąpieniem o nią musieli uzyskać akceptację UTK dla kilkunastu instrukcji funkcjonowania.
— Cały proces był nadzorowany przez urząd. W 2014 r. została przeprowadzona kontrola. Na jej podstawie wskazano, co powinno zostać poprawione — zapewnia Michał Wiślik z biura komunikacji PKP Cargo.
Jakub Majewski, prezes Fundacji ProKolej, podkreśla, że dzięki autoryzacji Cargotor będzie mógł działać na takich samych zasadach jak inni zarządcy, będzie musiał opracować regulamin i cennik, który zapewni równoprawny dostęp do jego infrastruktury wszystkim rynkowym graczom.