Koszty wdrożenia, podobnie jak i certyfikacji systemu, zależą od wielkości i specyfiki każdego zakładu, liczby pracowników oraz produkowanych wyrobów.
— W przypadku małych firm, rodzinnych sklepików, straganów czy kiosków z żywnością wdrożenie zasad systemu HACCP nie powinno być ani drogie, ani kłopotliwe. Natomiast większe firmy, na przykład piekarnie czy ciastkarnie, muszą się liczyć ze sporymi wydatkami. Koszty te wzrosną przede wszystkim ze względu na szkolenia pracowników, ewentualne inwestycje związane z poprawą standardów higienicznych zakładu, zakup nowego sprzętu i urządzeń. Implementacja systemu wymaga czasami modernizacji zakładu — opowiada Marek Mucha, dyrektor jednostki certyfikującej TÜV Rheinland InterCert.
Właściciele zakładów oczywiście mogą sami wdrażać zasady systemu HACCP. Mogą też korzystać z pomocy ekspertów.
HACCP nie musi zostać potwierdzony certyfikacją. Mimo to część firm stara się zdobyć niezależne potwierdzenie działania systemu, głównie ze względów marketingowych.
Zdaniem Marka Muchy, w praktyce kontrahent unijny raczej będzie oczekiwał certyfikatów. Prawdopodobnie będą go też wymagały sieci supermarketów.
— Klienci mogą żądać dowodu wdrożenia i funkcjonowania systemu HACCP, nadanego przez niezależną, akredytowaną jednostkę certyfikującą. Daje im to pewność, że firma wdrożyła zasady systemu HACCP prawidłowo i odpowiednio do potrzeb — dodaje Katarzyna Mokrosińska.