Zakłada on, że FDS będzie rządowym organem zarządzającym systemem dofinansowania budowy i modernizacji dróg gminnych, powiatowych oraz mostów na drogach wojewódzkich. Instytucja ta ma się także zajmować finansowaniem infrastruktury wodno-kanalizacyjnej w pasie drogowym administrowanym przez samorządy. W projekcie założono, że FDS będzie działał tak samo jak Krajowy Fundusz Drogowy. Natomiast szczegółowe warunki finansowania zadań mają być określone w umowach zawieranych przez wojewodów z BGK. Ten bank będzie zaś przekazywał pieniądze wojewodzie, który rozdysponuje je między jednostki samorządu terytorialnego.
Głównym źródłem przychodów FDS mają być wpływy z nowej opłaty drogowej — 20 gr za litr benzyny lub oleju napędowego. Projektodawcy szacują, że będzie to 4-5 mld zł rocznie, z czego połowa ma trafić do FDS. Według projektu wysokość wsparcia inwestycji będzie zależała od średniego dochodu na mieszkańca w gminie lub powiecie. Jeśli ten dochód przekracza 50 proc. średniego dla rodzaju jednostek samorządu terytorialnego w kraju, to dofinansowania z FDS wyniesie 50 proc. Natomiast gminy i powiaty, w których ten wskaźnik wyniesie poniżej 50 proc., mogą liczyć nawet na 80-procentowe pokrycie kosztów realizacji inwestycji przez FDS. Nabór wniosków miałby przeprowadzać wojewoda, a oceniałaby je komisja. Wybrane projekty ostatecznie zatwierdzałby minister infrastruktury i budownictwa.