Do błędów, jakie najczęściej mogą przytrafić się w związku z prowadzeniem księgi akcyjnej, zaliczyć przede wszystkim należy brak aktualizacji zapisów. Przeciwdziałać temu mogą sami akcjonariusze, którym z mocy ustawy przysługuje prawo do przeglądania księgi akcyjnej i sporządzania jej odpisów. Jeżeli zatem zauważą oni braki w zakresie wpisu aktualnych danych, mogą, a wręcz nawet powinni, wnieść o ich uzupełnienie. Żądanie takie, jeżeli oczywiście jest uzasadnione odpowiednimi dokumentami, nie może być przez zarząd pominięte, bez narażenia się na odpowiedzialność odszkodowawczą. Uchybienia w tym zakresie mogą dotyczyć przede wszystkim braku wpisania nabywcy akcji, ich zastawnika czy też osoby, która uzyskała prawo użytkowania akcji, z którym dodatkowo związane jest prawo głosu na walnym zgromadzeniu.
Co ważne — zarząd przed dokonaniem zmian obowiązany jest powiadomić zainteresowanych, którym przysługuje prawo zgłoszenia sprzeciwu, w terminie nie krótszym niż dwa tygodnie. Stanowi to dodatkowy instrument ochronny dla akcjonariuszy przed ewentualnym pozbawieniem ich legitymacji formalnej.
Z punktu widzenia ochrony interesów akcjonariuszy spółki istotna jest także możliwość wystąpienia przeciwko członkom zarządu z roszczeniem o naprawienie szkody, jaką akcjonariusz poniósł w związku z wadliwym prowadzeniem księgi. Szkodą może być na przykład pozbawienie nabywcy akcji prawa do dywidendy czy też uniemożliwienie mu uczestnictwa w podejmowaniu przez walne zgromadzenia decyzji co do podziału zysku.
Niezależnie od tego zarząd ponosi odpowiedzialność karną z tytułu wadliwego prowadzenia księgi akcyjnej, a zatem akcjonariusz może także złożyć zawiadomienie o popełnieniu przestępstwa i jako pokrzywdzony domagać się odszkodowania w procesie karnym w drodze powództwa cywilnego.
Prawidłowe prowadzenie księgi akcyjnej przez zarząd wywiera istotny wpływ na możliwość uczestnictwa akcjonariuszy w walnym zgromadzeniu, oczywiście jeżeli chodzi o uprawnionych z akcji o charakterze imiennym. Zgodnie z uregulowaniem kodeksu spółek, prawo uczestniczenia w walnym zgromadzeniu przysługuje tylko tym akcjonariuszom, którzy wpisani byli do księgi co najmniej na tydzień przed terminem walnego zgromadzenia. Ponieważ listę osób uprawnionych do uczestnictwa sporządza zarząd biorąc pod uwagę właśnie zapisy w księdze, możliwa jest sytuacja, gdy w wyniku nieuwzględnienia zaistniałych zmian, określona osoba, na przykład nabywca akcji czy też ich zastawnik lub użytkownik, nie będzie mógł skorzystać z przysługującego mu prawa korporacyjnego, co pozbawi go możliwości współdecydowania o sprawach objętych porządkiem obrad, jak również wykluczy po jego stronie legitymację do zaskarżenia wadliwej uchwały, podjętej pod jego nieobecność.
Skuteczne wykonywanie prawa głosu uzależnione jest także od dopełnienia określonych wymogów w zakresie przedstawienia akcji przysługujących akcjonariuszowi. W tym zakresie korzystniejsza jest sytuacja posiadaczy akcji imiennych, albowiem to z treści księgi akcyjnej wynika liczba posiadanych przez nich akcji i liczba przypisanych do nich głosów.
Natomiast uprawnieni z akcji na okaziciela zobowiązani są do złożenia w siedzibie spółki co najmniej na tydzień przed walnym zgromadzeniem takiej liczby akcji, z jakiej chcą wykonywać prawa korporacyjne.