Rada NCN wprowadziła od marca 2015 r. nowe regulacje dotyczące wysokości wynagrodzenia dodatkowego (rozumianego jako dodatek do otrzymywanej już pensji lub stypendium doktoranckiego) dla kierowników projektów. Wysokość limitów w poszczególnych konkursach (od 1000 złotych w PRELUDIUM do 5 tys. zł miesięcznie w MAESTRO) została przy tym uzależniona od wielkości budżetu Narodowego Centrum Nauki
I tak w konkursie PRELUDIUM wysokość limitu na wynagrodzenia dodatkowe została ustalona na poziomie 1000 zł miesięcznie, co odpowiada średniej wysokości wynagrodzeń dla kierowników projektów w rozstrzygniętych dotychczas konkursach tego typu. W 36-miesięcznym projekcie całkowite wynagrodzenie wyniosłoby więc 36 tys. co może być poważnym wsparciem dla młodego naukowca w porównaniu do projektów promotorskich. Wynagrodzenie w ramach grantu pomyślane jest jedynie jako dodatek do uposażenia – pensji lub stypendium – otrzymywanego w jednostce naukowej i jest związane z dodatkowymi obowiązkami (także administracyjnymi), do których zobowiązuje się młody badacz, otrzymując finansowanie. Nie może więc być to wynagrodzenie etatowe.
W poprzedniej regulacji, w ramach której wysokość miesięcznego wynagrodzenia brutto wypłacanego np. na podstawie umów cywilnoprawnych nie przekraczała kwoty: dla doktoranta – 3 tys. zł, dla studenta – 1 tys. zł, takimi kwotami można było operować tylko w sytuacjach szczególnych, kiedy to doktorant lub student byli zatrudniani w grantach samodzielnych pracowników naukowych, nie zaś sytuacji, w której kierują własnym, najczęściej jednoosobowym, projektem badawczym. NCN stwierdza przy tym, że "zapewnienie wynagrodzenia dla doktoranta jest obowiązkiem jego promotora, który odpowiednie środki finansowe powinien zapewnić w ramach własnego grantu".
"NCN nie finansuje stypendiów doktoranckich. Jest to obowiązek uczelni i jednostek PAN. Możemy jedynie ubolewać, że znaczna część doktorantów studiuje bez stypendiów. Uważamy, że taka sytuacja wymaga pilnej zmiany, jednak to nie NCN odpowiada za ten stan rzeczy i nie NCN jest władny ten stan zmienić [..]W kilku typach projektów (kierowanych przez samodzielnych pracowników naukowych np. w ogłoszonych właśnie konkursach MAESTRO 7, SONATA BIS 5) wręcz wymagamy, aby tworzyć nowe pełnoetatowe miejsca pracy, m.in. typu post-doc i/lub angażować doktorantów wypłacając im stypendia doktorskie. Stypendia dla młodych naukowców udzielane w tym trybie mogą wynieść do 3 tys. zł miesięcznie, nie są opodatkowane, a więc z tych samych środków doktorant otrzymuje wyższą kwotę netto." - stwierdza oświadczenie Rady NCN.
Do doktorantów adresowany jest też konkurs Etiuda, dotyczący stypendiów doktoranckich, w ramach którego można otrzymać stypendium naukowe w wysokości 3 tys. zł miesięcznie na okres od 6 do 12 miesięcy. NCN pokrywa również koszty stażu zagranicznego trwającego od 3 do 6 miesięcy. Mogą w nim brać udział także osoby posiadające już grant Preludium