Największą przeszkodą w rozwoju branży wyrobów medycznych jest zła sytuacja finansowa publicznej służby zdrowia.
Wiele jednostek ma problemy finansowe i długi u producentów sprzętu oraz urządzeń medycznych. Największe kłopoty z płatnościami mają duże jednostki, głównie rozbudowane szpitale. Ratunkiem miała być wprowadzona w 2005 roku ustawa o pomocy publicznej dla Zakładów Opieki Zdrowotnej. Jednak pomoc była ograniczona, miała niewielki zasięg i w rezultacie rozwiązała problem zaledwie w połowie zadłużonych ZOZ-ów.
Przyczyną złej sytuacji jest niewystarczające finansowanie systemu z funduszy publicznych. Z kolei oddłużanie nieefektywnie prowadzonych szpitali jest powodem protestów ze strony jednostek, które są właściwie zarządzane. W związku z tym ministerstwo zdrowia zapowiada wiele nowelizacji w systemie opieki zdrowotnej. Chodzi m.in. o wprowadzenie nowych form ubezpieczeń zdrowotnych, utworzenie sieci szpitali oraz zmianę kompetencji władz publicznych. Ma to poprawić sytuację finansową jednostek służby zdrowia, co powinno przełożyć się także na lepszą kondycję branży wyrobów medycznych.