Agrofert domagał się od wielu lat od PKN Orlen zapłaty odszkodowania z tytułu szkód będących wynikiem czynów nieuczciwej konkurencji, bezprawnego naruszenia dobrego imienia firmy Agrofert oraz niewykonania zobowiązań umownych wynikających z umów podpisanych w latach 2003– 2004 pomiędzy nim a polską spółką. Wysokość odszkodowania wyliczył na 19 464 473 000 CZK.
Tygodnik Euro poinformował, że Sąd Wyższy w Pradze wydał ostateczny werdykt na korzyść polskiej spółki, kończąc sprawę. Agrofert rozważa możliwość wystąpienia do Sądu Najwyższego. Wcześniej chce się zapoznać z uzasadnieniem wyroku.
Czeskie media przypominają, że w 2001 roku rząd zaoferował Agrofertowi sprzedaż należącego do państwa pakietu akcji Unipetrolu, ale Andrej Babis uznał, że cena 11,7 mld CZK jest zbyt wysoka. Pakiet kupił w 2004 roku za 14,7 mld CZK PKN Orlen, który w procesie prywatyzacji współpracował blisko z Agrofertem, podobno obiecując mu sprzedaż po atrakcyjnej cenie pakietów kontrolnych w kilku spółkach zależnych Unipetrolu. PKN Orlem nie sprzedał Agrofertowi wspomnianych pakietów po prywatyzacji Unipetrolu. Tygodnik Euro pisze, że polska spółka odnosząc się do wyroku czeskiego sądu poinformowała, że jej działania wobec Agrofertu odbywały się „w zgodzie z prawem i najlepszym interesem spółki”.