Proponując nową matrycę VAT, fiskus otworzył puszkę Pandory. Wykreślił z załączników z preferencyjnymi stawkami wodę w stanie naturalnym. Przedstawiciele firm wodno-ściekowych początkowo nie widzieli w tym problemu, ponieważ ich taryfy są naliczane za usługi związane z dostawą, także objęte niższą stawką. Jednak Ministerstwo Przedsiębiorczości i Technologii (MPiT) uznało, że wykreślenie wody z załączników będzie skutkować objęciem jej podstawową stawką VAT, czyli 23 proc. To zaś przyczyniłoby się do 15-procentowych podwyżek. Opinia resortu przedsiębiorczości zaniepokoiła branżowych menedżerów oraz ekspertów Lewiatana. Po uzgodnieniach Ministerstwo Finansów zdecydowało więc, że do załącznika podatkowego dopisze „wodę dostarczaną za pośrednictwem sieci wodociągowych, cysternami i innymi środkami transportu”.
Przeciwko temu zaprotestowała jednak Izba Gospodarcza Wodociągi Polskie (IGWP). Obawia się, że taki zapis może przyczynić się do zwiększenia podatku na wodę. Izba uważa, że jeśli nastąpi awaria wodociągui mieszkańcom będzie dostarczona woda „w postaci workowanej”, może być objęta wyższą stawką. Dorota Jakuta, prezes IGWP zaznacza też, że proponowany zapis może skutkować rozbiciem ceny wody jako towaru oraz usług związanych z dostawą. To może wzbudzić wątpliwości, jaką stawkę VAT należy stosować. Dlatego też izba proponuje jedynie doprecyzowanie w załączniku zapisu dotyczącego usług, by dotyczył ujmowania, uzdatniania i dostarczania wody „za pośrednictwem sieci wodociągowych lub dostarczaniem wody w inny sposób przez przedsiębiorstwa wodno-kanalizacyjne”. IGWP przekonuje, że pozwoli on utrzymać preferencyjną stawkę.