PKP i Przewozy Regionalne porozumiały się w sprawie zadłużenia samorządowej spółki. Zawiera ono warunki i terminy spłat przez Przewozy Regionalne długów i bieżących zobowiązań. W listopadzie 2009 r. Andrzej Wach, prezes Grupy PKP, szacował, że Przewozy Regionalne były winne grupie 290 mln zł; największe zobowiązania miały wobec PKP Intercity — 127 mln zł. Obecnie zadłużenie Przewozów Regionalnych tylko wobec spółki PKP urosło do 56 mln zł.
Przewozy Regionalne od grudnia 2008 r. należą do samorządów 16 województw, co wiązało się z wyjściem z Grupy PKP. To największy przewoźnik pasażerski w Polsce.