Przepisy podatkowe dotyczące wkładów niepieniężnych do spółek kapitałowych są niekorzystne dla małych firm. Najlepiej bowiem wnosić całe przedsiębiorstwa lub ich zorganizowane części. W praktyce mogą sobie na to pozwolić tylko duże podmioty.
Z perspektywy spółki, do której wnoszony jest aport, czynność ta jest neutralna podatkowo. Zgodnie bowiem z ustawą o CIT, środki na utworzenie lub podniesienie kapitału akcyjnego (zakładowego) nie są zaliczone do przychodów i nie podlegają opodatkowaniu. Inaczej wygląda sytuacja wnoszącego aport. Ustawy o podatkach dochodowych (tak CIT, jak i PIT) wśród źródeł przychodu wyróżniają objęcie akcji (lub udziałów) w spółce w zamian za wkłady niepieniężne. W ten sposób fiskus zapewnia sobie dochody, których nie dostaje od spółek. Od zasady opodatkowania aportów jest jednak wyjątek.
— Jeżeli przedmiotem wkładu jest przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część, objęcie akcji (udziałów) nie jest kwalifikowane jako przychód. Obowiązek podatkowy zostaje niejako odroczony do momentu ewentualnego zbycia tych akcji — wyjaśnia Janusz Łukasik z Kancelarii Chałas, Wysocki i Partnerzy w Warszawie.
Opodatkowanie przychodu z akcji (udziałów) objętych za wkład w postaci przedsiębiorstwa pojawia się dopiero w momencie ich zbycia. Podatek ten muszą jednak zapłacić również pozbywający się akcji objętych w zamian za aport poszczególnych składników majątku.
W praktyce takie rozwiązanie faworyzuje duże spółki, które stać na to, aby jako wkład wnieść przedsiębiorstwo. Aporty mniejszych podmiotów to zazwyczaj poszczególne składniki ich majątku — grunty, pojazdy, maszyny itp.
— Najbardziej opłacalny jest oczywiście aport przedsiębiorstwa, ale gdy w grę wchodzą pojedyncze składniki majątkowe, korzystne zarówno dla spółki jak i podatnika będzie wniesienie niezamortyzowanych środków trwałych. Taki aport daje spółce potrzebne do jej rozwoju środki. Dla wnoszącego wkład oznacza niższy podatek, dzięki wyższym kosztom uzyskania przychodu. W przypadku środków trwałych kosztem jest bowiem wartość przedmiotu wkładu pomniejszona o sumę dokonanych wcześniej odpisów amortyzacyjnych, których albo nie było, albo były dokonane w niewielkiej wysokości — tłumaczy Janusz Łukasik.
Przychodem do opodatkowania jest wartość nominalna akcji, pomniejszona o koszt uzyskania przychodu. Tu tkwi potencjalne źródło konfliktów z urzędnikami skarbowymi. Wartość nominalna rzadko bowiem pokrywa się z ceną rynkową udziału czy akcji.
— W obrocie gospodarczym podstawowe znaczenie ma wartość rynkowa i to ona faktycznie określa, ile akcji otrzyma wnoszący aport. W wielu spółkach wartość rynkowa akcji jest znacznie wyższa od nominalnej. Sprawia to, że wartość nominalna akcji wydawanych w zamian za wnoszony aport jest niższa od realnej wartości przedmiotu aportu. Ze względu na brak odpowiedniej praktyki i orzecznictwa, trudno stwierdzić czy udzielenie nawet wyczerpujących wyjaśnień dotyczących takiej rozbieżności pozwoli na uniknięcie sporów z władzami skarbowymi — uważa Janusz Łukasik.