O zwrocie wadium, które zatrzymał zamawiający, rozstrzyga sąd powszechny, a nie Krajowa Izba Odwoławcza. W praktyce do zatrzymania wadium dochodzi najczęściej w sytuacji opisanej w art. 46 ust. 4a p.z.p., czyli kiedy pomimo wezwania zamawiającego wykonawca — z przyczyn leżących po swojej stronie — nie uzupełnił pełnomocnictwa do złożenia oferty albo dokumentów lub oświadczeń na potwierdzenie spełniania warunków udziału w postępowaniu lub niepodlegania wykluczeniu z postępowania. Wykonawcy często kwestionują jednak zasadność zatrzymania wadium na tej podstawie, powołując się na orzecznictwo nakazujące ścisłą wykładnię tego przepisu.
Kwestia, czy o zwrocie wadium złożonego przez wykonawcę w postępowaniu o udzielenie zamówienia publicznego rozstrzygać powinien sąd powszechny czy Krajowa Izba Odwoławcza (KIO), przez wiele lat była przedmiotem sporów. W uzasadnieniu postanowienia z 7 maja 2010 r., V CSK 456/09, Sąd Najwyższy stwierdził, iż w razie zatrzymania wadium wykonawca może skorzystać ze środków ochrony prawnej przewidzianych przez prawo zamówień publicznych. Na bazie tego orzeczenia sądy powszechne odrzucały pozwy o zwrot wadium, twierdząc, że wykonawca powinien najpierw wyczerpać drogę postępowania przez KIO. Postanowienie to spotkało się ze słuszną krytyką ze strony środowiska praktyków zamówień publicznych. W późniejszym orzecznictwie Sąd Najwyższy zrewidował swoje stanowisko, uznając, że wykonawca może dochodzić zwrotu wadium przed sądem niezależnie od tego, czy wystąpił wcześniej w tej sprawie do KIO (wyrok z 11 maja 2012 r., II CSK 491/11; wyrok z 22 listopada 2012 r., II CSK 448/12).
Wydaje się, że spór w tej kwestii ucina wydane niedawno postanowienie Sądu Najwyższego z 12 lutego 2014 r., IV CSK 291/13. W uzasadnieniu tego orzeczenia SN wyraźnie stwierdził, że sprawa o zwrot wadium zatrzymanego przez zamawiającego (a ściślej o zasądzenie jego wartości) jest sprawą cywilną. Sąd słusznie zwrócił przy tym uwagę na to, że wykonawcy, którzy nie kwestionują swojego wykluczenia z postępowania, nie mają interesu prawnego we wniesieniu odwołania do KIO w sprawie wadium. Ponadto Sąd zauważył, że gdyby uznać, iż to KIO powinna rozstrzygać o zwrocie wadium, to w przypadku zamówień publicznych o wartości poniżej progów unijnych wykonawcy nie mieliby możliwości złożenia w tej sprawie odwołania do KIO.
Jeżeli zatem wykonawca uważa, że zamawiający niesłusznie zatrzymał wadium, powinien wystąpić przeciwko niemu z pozwem o zapłatę. Opłata sądowa od takiego pozwu wynosi 5 proc. kwoty dochodzonego wadium, jednak nie mniej niż 30 zł i nie więcej niż 100 tys. zł. Podstawą prawną do dochodzenia zwrotu wadium są przepisy o bezpodstawnym wzbogaceniu (art. 405 i nast. k.c.). Należy pamiętać o tym, iż roszczenie o zwrot wadium jest roszczeniem o charakterze majątkowym, wobec czego ulega przedawnieniu. Z uwagi na to, że w praktyce obrotu wykonawcy to wyłącznie przedsiębiorcy, termin przedawnienia wynosi 3 lata od dnia, kiedy zamawiający powinien był zwrócić wadium.