Ministerstwo Rozwoju Regionalnego opracowało prognozę wykorzystania środków z funduszy strukturalnych w 2006 r. — wśród nich siedmiu programów operacyjnych oraz inicjatyw wspólnotowych Equal i Interreg IIIA. Zakłada ona realizację wydatków na kwotę 3,1 mld EUR. Łącznie z pieniędzmi wydanymi w 2005 r. stanowi to 3,7 mld EUR, czyli 42 proc. alokacji na lata 2004-06.
Prognoza ma zdyscyplinować instytucje pośredniczące i wdrażające programy zawarte w Narodowym Planie Rozwoju na lata 2004-06 do uzyskania pożądanego poziomu wydatkowania środków. Jeśli prognoza się spełni, to w kolejnych latach do wydania pozostanie około 4,9 mld EUR.