Wnioski raportu przygotowanego przez Europejski Trybunał Obrachunkowy (ETO) wskazują, że w latach 2000-13 jedna trzecia unijnych inwestycji w porty to pieniądze wyrzucone w błoto, bo 194 mln euro (wydane tylko w ramach inwestycji w kontrolowane porty) przeznaczano na projekty, które dublowały już istniejące w pobliżu obiekty lub nie były wykorzystywane.
Z tej kwoty prawie 100 mln euro poszło na infrastrukturę, która w ogóle, lub prawie w ogóle, nie była używana w ciągu ponad trzech lat od jej oddania. Kontrolerzy oceniali zarówno unijną, jak i krajowe strategie morskiego transportu towarowego, w tym przyjętą w 2007 r. polską strategię rozwoju portów morskich do 2015 r.
Według audytu dokumenty te nie stworzyły solidnej podstawy do planowania przepustowości portów. W raporcie wskazano np., że polskie ministerstwo infrastruktury i rozwoju równolegle zatwierdzało znaczne powiększanie terminala kontenerowego w Gdańsku oraz pogłębianie portu w Gdyni. Obie inwestycje nastawione były na ten sam rodzaj biznesu kontenerowego, w obu nie brano pod uwagę wykorzystania przepustowości istniejącej infrastruktury.
Wszystkie trzy skontrolowane w Polsce porty — w Gdańsku, Gdyni i Szczecinie-Świnoujściu — nie miały odpowiedniej infrastruktury drogowej lub kolejowej łączącej je z zapleczem lądowym. Taki sam problem stwierdzono też w 11 innych skontrolowanych portach UE. W raporcie wskazano również pozytywne przykłady inwestycji. Wśród nich znalazła się zakończona w 2009 r. nowa droga do portu w Szczecinie, która przyczyniła się do odciążenia ruchu w mieście i poprawy bezpieczeństwa jego mieszkańców. Pozytywne przykłady nie zmieniają jednak całościowego obrazu, z którego wynika, że porty, podobnie jak wcześniej lotniska regionalne, są dofinansowywane tylko po to, by wykorzystać środki z kasy UE na często niepotrzebne inwestycje i nie pozwolić, by pieniądze przepadły.
Według ETO konieczne jest zmniejszenie obecnej liczby 104 portów bazowych UE, które mogą liczyć na specjalne wsparcie w ramach budżetu unijnego. Kontrola ETO została przeprowadzona w 19 portach morskich w pięciu państwach członkowskich — w Niemczech, Polsce, Hiszpanii i Szwecji oraz we Włoszech.