Przedstawiciele Centrum Zrównoważonego Transportu skrytykowali podział środków na transport w Sektorowym Programie Operacyjnym — Transport oraz Rozwój Regionalny. Podczas konferencji „Fundusze UE na transport w latach 2004-06 — szansa, czy zagrożenie dla zrównoważonego rozwoju Polski” wskazali na nierówny podział środków pomiędzy transportem drogowym a kolejowym.
— W sektorowym programie operacyjnym za priorytet uznano „zrównoważony gałęziowo rozwój transportu”, tymczasem fundusze przyznane na inwestycje drogowe to aż 61 proc. wszystkich środków na transport. W taki sposób jawnie zignorowano założenia Europejskiej Polityki Transportowej, która wyraźnie wskazuje, że głównym przedmiotem finansowania powinna być kolej, jako alternatywa dla transportu drogowego — twierdzi Krzysztof Rytel, przedstawiciel Centrum Zrównoważonego Transportu.
Centrum lepiej oceniło podział Funduszu Spójności między kolej i transport drogowy, chociaż ten także nie był równy i wyniósł 43 proc. na inwestycje kolejowe, a 57 proc. na drogowe.
Zdaniem przedstawicieli CZT, założenia Europejskiej Polityki Transportowej nie są realizowane także w odniesieniu do transportu publicznego. W Zintegrowanym Programie Operacyjnym Rozwoju Regionalnego nie przeznaczono żadnych środków na jego funkcjonowanie i rozwój, mimo że aglomeracje miejskie otrzymały na to 336 mln EUR.