Drugiego dnia października rozpoczynają się też rozmowy kapitulacyjne prowadzone w Ożarowie między przedstawicielami walczących stron. Przedstawicielami strony polskiej są: Kazimierz Iranek-Osmecki i Zygmunt Dobrowolski, z niemieckiej - Erich von dem Bach. Od godziny 20/21:00 walki w mieście ustają.
Około 2:00 w nocy już 3. października, podpisany zostaje akt honorowej kapitulacji Powstania Warszawskiego. Powstańcy zostali uznani przez Niemców za jeńców wojennych, przyznanie zostały im prawa kombatanckie, ludność cywilna miała być natomiast chroniona i traktowana zgodnie z konwencjami wojennymi.
Niemcy łamią postanowienia dotyczące ludności cywilnej. Warszawiacy trafiają bowiem do obozu przejściowego w Pruszkowie, a stamtąd wysyłani są do obozów koncentracyjnych i na roboty przymusowe.
W trakcie 63 dni walk zginęło 16 tys. powstańców, podczas próby sforsowania Wisły i na przyczółku Czerniakowskim zginęło 5,5 tys. żołnierzy I Armii Wojska Polskiego. Straty ludności cywilnej wyniosły od 150 do 200 tys. zabitych.
Straty niemieckie obliczone w raporcie złożonym 5. października 1944 r. mówiły o 1570 poległych. W 1947 r. von dem Bach mówił jednak, że były one zaniżone i szacował je na ok 10 tys. poległych, te jednak wydają się znacznie zawyżone.
Zniszczeniu w czasie Powstania uległo 25% zabudowy Warszawy. W trakcie systematycznego podpalania i wyburzania po kapitulacji Niemcy zniszczyli dodatkowe 30% budynków (lewobrzeżnej części miasta). Jeśli podsumować zniszczenia dokonane w czasie kampanii wrześniowej i Powstania w Getcie, to straty zabudowy wyniosły 84% lewobrzeżnej i 65% całej Warszawy.
Autorzy sporządzonego w 2004 na polecenie ówczesnego prezydenta Lecha Kaczyńskiego "Raportu o stratach wojennych Warszawy” oszacowali całość na 18,20 miliarda przedwojennych złotych (według wartości złotówki z sierpnia 1939), czyli 45,3 miliardów dolarów (według wartości obecnej) (LINK).