Odporność systemu giełdowego na awarie na długo przed uruchomieniem budziła wątpliwości. Ówczesny prezes giełdy, czyli Wiesław Rozłucki, zapewniał w „PB”, że Warset nie sprawi niespodzianki. Sprawił. Już pierwszego dnia. 17 listopada 2000 r. indeksy generalnie zniżkowały. Poza jednym. WIG zyskał 6 proc. Było to spowodowane awarią systemu. Giełda zawiesiła do odwołania publikowanie wartości głównego indeksu. Dla drobnych czy długoterminowych graczy nie miało to większego znaczenia, ale grający „na jedną sesję” mieli kłopot. Podobnie jak gracze na rynku terminowym. System nie podawał także liczby otwartych pozycji. Kolejną poważną, choć krótkotrwałą, awarię przeżył Warset w marcu 2001 r., giełda zawiesiła wówczas obrót akcjami.
W 2003 r. dwukrotnie zła pogoda (potężne burze przechodzące nad Warszawą) zakłócała działanie systemu giełdowego, chociaż był zarazem rok, kiedy Warset ani razu nie zawiesił się nawet na sekundę. Burze nie spowodowały jednak awarii systemu jako takiego, lecz jedynie zniekształcenie sygnałów satelitarnych odbieranych przez brokerów.
Najpoważniejszą przerwę, po której wśród uczestników rynku kapitałowego rozpoczęła się wewnętrzna dyskusja na temat poprawy polityki informacyjnej między giełdą a biurami maklerskimi, miał Warset w marcu 2004 r. Kilkanaście minut po 13.00 wprowadzane zlecenia były przez system odrzucane. Giełda nie przekazała jednocześnie żadnej informacji o zawieszeniu notowań. Podjęła ją o 13.30, kiedy została zalana telefonami od brokerów. Zlokalizowanie problemu i jego naprawa zajęła 40 minut. Maklerzy nie mieli pretensji do GPW, że coś szwankowało. Byli jednak rozczarowani brakiem natychmiastowej informacji, czy to wina Warsetu, czy łączy z biurami maklerskimi.
Kłopoty się zdarzają. Ostatnia, dość dotkliwa, awaria zdarzyła się w listopadzie 2006 r. Tym razem jednak maklerzy zostali o niej poinformowani od razu i od razu zdołali przekazać wiadomość klientom. Czyli awarie jednak na coś się przydały.