Odżywa idea powołania drugiego polskiego rejestru statków. Po raz pierwszy pomysł taki pojawił się jeszcze w połowie lat 90., kiedy po 5 latach gwałtownego przeflagowania polskich statków zauważono, że flota pływająca pod narodową banderą szybko się kurczy.
Drugi rejestr ma być podstawowym instrumentem, który odwracałby ten trend. Ministerstwo Infrastruktury już opracowało projekt rejestru, ale dotychczas nie zaprezentowało go armatorom.
Generalnym założeniem drugiego rejestru jest możliwość rejestrowania statków pod polską banderą, ale na zupełnie innych zasadach niż w rejestrze podstawowym. Warunki i koszty eksploatacji pływających w nim jednostek miałyby być zbliżone do warunków i kosztów, jakie występują w tzw. rejestrach wygodnych, zwanych przez związkowców „tanimi”. a więc np. cypryjskim, maltańskim czy panamskim. Co więcej, nie istniałby zakaz rejestrowania w nim statków obcych armatorów. Możliwe byłoby zatem, że np. armator niemiecki, porównując warunki swojego rejestru z drugim polskim, uznałby przewagę tego ostatniego i umieściłby na swoich statkach polską banderę.
Korzyścią dla państwa byłby fakt, że odprowadzałby on podatki właśnie w Polsce, a nie w Niemczech.
— W PŻM nikt jeszcze nie widział nowego projektu drugiego rejestru, ale już zapowiedzieliśmy, że jeżeli zaproponuje on warunki zbliżone do tych, jakie występują w „wygodnych rejestrach”, wówczas nastąpi ponowne przeflagowanie na banderę narodową statków PŻM, pływajączch w barwach innych krajów — zapowiada Paweł Brzezicki, dyrektor Polskiej Żeglugi Morskiej.
Obecnie z 82 jednostek tego armatora, jedynie 12 pływa jeszcze pod polską banderą, a w PLO tylko jeden statek. Reszta zarejestrowana jest na: Malcie, Wyspach Bahama, Wyspach Marshalla, Cyprze, w Vanuatu, Panamie oraz w drugim rejestrze Norwegii.
— Dla PŻM wygodne bandery to ekonomiczna konieczność —podkreśla Paweł Brzezicki.
Polska bandera ma jednak dla armatora zdecydowaną (z wyjątkiem względów ekonomicznych) przewagę, która nie wynika wyłącznie z pobudek patriotycznych. Jednostki pod polską banderą, jako cieszące się dobrą opinią, znacznie rzadziej kontrolowane są przez instytucje takie jak Port State Control.
— Statki te mogą też np. liczyć na wiele ulg w opłatach w różnych portach świata. Jako że Polska ma bardzo bogatą i starą tradycję w uprawianiu żeglugi, jednostki pod biało-czerwoną dobrze postrzegane są przez dostawców ładunków — dodaje Paweł Brzezicki.
Aby proces powrotu pod polską banderę w drugim rejestrze w ogóle się rozpoczął, musi on znacznie różnić się od pierwszego rejestru. Niezbędny jest zryczałtowany podatek tonażowy, komercjalizacja instytucji tzw. hipoteki morskiej uprzywilejowanej, ustanowionej na statkach o polskiej przynależności, zmiana zasad naliczania amortyzacji od statków o polskiej przynależności oraz zasad zatrudniania marynarzy i oficerów na naszych morskich statkach handlowych.
Kolejne, niezbędne rozwiązanie wspierałoby nie tylko polską banderę, ale i krajowe stocznie produkcyjne i remontowe. Jest nim wprowadzenie zerowej stawki podatku od towarów i usług przy imporcie lub zakupie statków przez armatorów krajowych w stoczniach krajowych oraz przy remontach statków o polskiej przynależności, zlecanych przez armatorów polskich w rodzimych stoczniach. Wymagałoby to nowelizacji ustawy z 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym, a także rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie wykonania niektórych przepisów o podatku od towarów i usług. Konieczne byłoby także zwolnienie z cła importowego maszyn, urządzeń i materiałów, wykorzystywanych do budowy i remontów statków o polskiej przynależności.
Powstaniu drugiego polskiego rejestru sprzeciwiają się przedstawiciele Międzynarodowej Federacji Transportowców ITF w Polsce. Ich zdaniem, jego utworzenie spowodowałoby napływ pod polską banderę tanich armatorów ze statkami o nie najlepszych standardach technicznych.
Podają również argumenty, że jeżeli rejestr byłby podobny do już funkcjonujących, wówczas na jednostkach w nim zarejestrowanych jedynie kapitanami musieliby być Polacy, a załogi armatorzy rekrutowaliby spośród Filipińczyków, Wietnamczyków czy Ukraińców.
W rzeczywistości chodzi jednak o pieniądze. Każdy marynarz zatrudniony na statkach „wygodnych” bander musi obligatoryjnie płacić ITF składki, wynoszące 2 proc. jego pensji. Na przykład z samego tylko PŻM dzięki temu ITF otrzymuje rocznie 300 tys. USD. Gdyby armator przeflagował statki z bander wygodnych na polską, marynarze nie musieliby uiszczać tych składek.