Jednym zakładom będzie się opłacało inwestowanie w modernizację, a innym kupowanie uprawnień do emisji substancji zanieczyszczających.
Dla wszystkich instalacji objętych obowiązkiem dostosowania się do nowych standardów ustala się zbiorczy pułap emisyjny, który powinien być ekwiwalentem poziomu emisji w warunkach nowych, ostrzejszych norm emisyjnych. Zbiorczy pułap emisyjny dzielony jest następnie na poszczególne instalacje w postaci tzw. uprawnień zbywalnych na emisję.
Ilość wyemitowanych zanieczyszczeń nie może być większa niż ilość posiadanych uprawnień.
Ta kardynalna zasada systemu handlu emisjami będzie motywowała do sprzedaży lub kupna uprawnień zbywalnych. Zakłady posiadające instalacje, dla których koszt redukcji emisji będzie niski, zdecydują się na inwestycje, a nadwyżki uprawnień zbywalnych będą skłonne sprzedać tym zakładom, którym będzie bardziej opłacało się kupić potrzebne uprawnienia zbywalne niż dokonywać kosztownych inwestycji u siebie.
Dyskusja nad krajowymi planami alokacji dla obu systemów handlu emisjami, w tym metodami alokacji, powinna odbywać się z udziałem przyszłych uczestników handlu. Taki proces rozpoczyna się już w Polsce, w kontekście toczących się prac nad obu systemami handlu emisjami. W dyskusjach tych, pod egidą Towarzystwa Gospodarczego Polskie Elektrownie, uczestniczą przedstawiciele różnych sektorów przemysłowych, a także przedstawiciele Ministerstwa Środowiska i Ministerstwa Gospodarki.