Idea połączenia wnętrza kraju z wybrzeżem padła już w 1825 r. z ust Simona Bolivara. Jednak młody kraj wymagał innych inwestycji i dopiero w 1868 r. Kongres Republiki Peru wydał nowy dekret o budowie linii kolejowej i ogłosił przetarg by wyłonić najbardziej korzystną ofertę od strony finansowej i technicznej. W kilka dni po ogłoszeniu dekretu Henry Meiggs, przedsiębiorca amerykański uzyskał zgodę na przeprowadzenie wstępnych studiów linii kolejowej. Tenże prace powierzył Ernestowi Malinowskiemu, który dobrał sobie współpracowników. Po ośmiu miesiącach, 3 IV 1869 r. oddał szczegółowe sprawozdanie z przeprowadzonych studiów terenu i wstępną kalkulacją kosztów budowy.
2Skąd Malinowski wziął się w Limie? Jego droga, jak wielu emigrantów, była dość skomplikowana. Był synem polskiego ziemianina, urodzonym na Wołyniu w 1818 r. Uczył się w Liceum Krzemienieckim, ale naukę musiał przerwać, ponieważ rodzina zaangażowana w Powstaniu Listopadowym uciekła za granicę. W Paryżu studiował na Politechnice oraz prestiżowym École des Ponts et Chaussées. Od 1838 r. przez czternaście lat pracował przy rozwoju francuskiej infrastruktury. Do Peru trafił w 1852 roku. Prawdopodobnie stało się to za sprawą prezydenta Ramona Castillo, który chcąc pobudzić rozwój Peru, wysłał do Europy misję mającą na celu rekrutację inżynierów, którzy przyczynią się do postępu. Malinowski po przybyciu do Ameryki Łacińskiej objął stanowisko rządowego inżyniera. Rozpoczął pracę nad projektem przerzucenia przez Andy linii kolejowej.
Uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego nastąpiło 1 stycznia 1870 r. W ciągu czterech lat pracy w wyjątkowo trudnych warunkach klimatycznych i terenowych, prowadzono kolej trawersując zboczami gór, budując półki skalne, wykuwając 63 tunele łącznej długości ponad 6000 m i budując szereg mostów. Wśród nich wybudowano jeden z największych ówcześnie na świecie wysokości 77 m i 175 m długości (tzw. wiadukt Verrugas).
Groźba przerwania budowy pojawiała się kilkakrotnie, m.in. w 1874 r. podczas kryzysu gospodarczego rząd Peru wstrzymał finansowanie inwestycji. Wtedy Higgs i Malinowski kontynuowali budowę z własnych funduszy. Niestety, w 1879 r. wybuchła wojna z Chile i robotnicy okazali się być politykom bardziej potrzebni na polach bitew, niż na budowie.
Malinowski wyjechał do Ekwadoru. Tam również pomagał rozwijać sieć kolejową. Do Limy powrócił w 1886, a cztery lata później (w wieku 72 lat) przystąpił wraz z nowym inwestorem brytyjskim do dokończenia swego największego dzieła. W styczniu 1893 linię kolejową doprowadzono do miasta La Oroya. Została oddana do użytku tzw. główna trasa kolei transandyjskiej.
Budowę linii kolejowej na tak dużej wysokości uważano na uczelniach technicznych za oszustwo. Przyjaciel Malinowskiego, matematyk Wojciech Folkierski pisał w wydanej w 1899 r. książce "Ernest Malinowski i kolej przez Kordylierę Andów ":
"inżynierowie europejscy długo w nią uwierzyć nie chcieli, uważając za oszustwo. Trzeba było dopiero każdego ministra europejskiego, każdego z admirałów angielskich lub francuskich, w miarę jak przybywali do Callao, zapraszać po kolei w tę jednodniową wprawdzie, ale pełną osobliwości wycieczkę, by wreszcie w Europie uwierzono w istnienie nadzwyczajnego dzieła."
Ernest Malinowski zmarł na atak serca 2 III 1899 o godzinie 3.30 rano w swoim apartamencie hotelowym w Limie.
Szlak Centralnej Kolei Transandyjskiej jest wykorzystywany codziennie jako trasa dla pociągów towarowych.