Mimo opodatkowania dochodów kapitałowych, inwestowanie w obligacje Skarbu Państwa i jednostek samorządu terytorialnego nadal może być źródłem zysku wolnego od daniny na rzecz urzędu skarbowego.
Podatek od dochodów kapitałowych obciąży odsetki oraz dyskonto od obligacji wyemitowanych przez Skarb Państwa i jednostki samorządu terytorialnego nabytych po 1 grudnia 2001 r. Jednak do końca 2003 r. zwolnione od podatku będą zyski ze sprzedaży tych obligacji przez osoby fizyczne. Sprzedanie papieru choćby na dzień przed datą wykupu lub wypłaty kolejnych odsetek spowoduje, że osoba, które je zbywa, nie zapłaci fiskusowi ani grosza, mimo że składową uzyskanej przez nią ceny będą odsetki należne w dniu dokonania transakcji. Popyt gwarantują osoby prawne, które i tak muszą opodatkowywać wszystkie uzyskane dochody kapitałowe. Obligacje opłaca się trzymać jak najdłużej. Należy jednak pamiętać, że kilka dni przed terminem naliczenia odsetek wysoka podaż papierów może znacznie obniżać ich cenę.
Z inwestowaniem w obligacje skarbowe na giełdzie wiążą się w pewnych sytuacjach również niekorzystne skutki podatkowe.
— Osoba, która nabędzie takie obligacje w trakcie okresu odsetkowego, zapłaci cenę uwzględniającą już narosłe odsetki. Kiedy otrzyma płatność, fiskus pobierze 20 proc. po- datku od całej kwoty odsetek, a nie tylko od tej części, która zostanie naliczona po zakupie obligacji i która w takim przypadku jest jego realnym dochodem. W konsekwencji taki nabywca zapłaci podatek od dochodu wyższego niż uzyskany w rzeczywistości — wyjaśnia Hubert Bojdo, menedżer w dziale doradztwa podatkowego firmy Andersen.