Bogusławowi C. zarzucono przywłaszczenie ponad 67 mln zł (z odsetkami) na szkodę Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych oraz Skarbu Państwa. Za przywłaszczenie 19,5 mln zł na szkodę PFRON i SP odpowiedzą także dwaj ówcześni członkowie władz w firmie Bogusława C. - Witold G. i Leszek C.
Wśród oskarżonych znajduje się także czworo byłych i obecnych funkcjonariuszy Izby Skarbowej w Krakowie: Piotr J., Marek P., Wojciech Z. oraz Helena H. Zarzucono im uczestnictwo w wydaniu decyzji stwierdzających nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych i fizycznych za 2000 i 2001 r. na rzecz Bogusława C. oraz jego firmy T. Zdaniem prokuratury, działali oni z rażącym naruszeniem prawa na rzecz osiągnięcia przez Bogusława C. i jego spółkę korzyści majątkowej, nie stosując obowiązujących przepisów prawnych i działając tym samym na szkodę PFRON i SP.
"Akt oskarżenia w tej sprawie został skierowany do sądu" – powiedziała PAP rzeczniczka Prokuratury Okręgowej Bogusława Marcinkowska.
O podejrzeniu przestępstwa zawiadomił ABW w listopadzie 2008 roku prezes PFRON. Chodziło o środki uzyskane przez Bogusława C. i jego firmę na mocy decyzji dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z 2006 roku, stwierdzających nadpłaty w podatku dochodowym za rok 2000 i 2001. Jak podnosił prezes PFRON, osoba prowadząca zakład pracy chronionej miała obowiązek przekazać środki uzyskane z tytułu zwolnień podatkowych na zakładowy fundusz rehabilitacji osób niepełnosprawnych (90 proc.) oraz na PFRON (10 proc.). Natomiast w przypadku utraty statusu zakładu pracy chronionej, niewykorzystane środki funduszu rehabilitacji podlegały niezwłocznemu przekazaniu do PFRON.
Tymczasem – jak stwierdziła prokuratura – w 2006 roku ani Bogusław C. ani jego firma nie byli podmiotami posiadającymi status zakładu pracy chronionej; utracili go bowiem w styczniu 2002 r. W takiej sytuacji powinni całość środków przekazać do PFRON. Do dnia dzisiejszego nie zostało to zrobione – stwierdza prokuratura.
W 2010 r. minister finansów stwierdził nieważność decyzji dyrektora Izby Skarbowej w Krakowie z 2006 roku w sprawie nadpłat podatkowych za lata 2000-2001 na rzecz spółki T. i Bogusława C. Zaskarżone decyzje ministra utrzymały w mocy sądy WSA i NSA w Warszawie. W rezultacie w lipcu 2012 r. dyrektor Izby Skarbowej w Krakowie odmówił stwierdzenia tych nadpłat w podatku dochodowym za lata 2000-2001 na rzecz Bogusława C. i jego firmy. Wyrokami z dnia 16 listopada 2012 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie oddalił skargi podatników na te decyzje.
Jak poinformowała prokuratura, żadna z osób oskarżonych nie przyznała się do popełnienia zarzuconych im czynów. Część z nich złożyła wyjaśnienia, które nie korespondują z zebranym materiałem dowodowym. Wszystkim oskarżonym grożą kary pozbawienia wolności do lat 10.
W czerwcu 2013 r. Prokuratoria Generalna Skarbu Państwa skierowała do krakowskiego sądu pozew cywilny przeciwko Bogusławowi C. o zapłatę blisko 50 mln zł. Proces jeszcze się nie rozpoczął.
W krakowskim sądzie toczy się również proces cywilny, wytoczony przez Bogusława C. Urzędowi Skarbowemu o odszkodowanie za uszczerbek majątkowy poniesiony w trakcie egzekucji administracyjnej, umorzonej potem przez dyrektora Izby Skarbowej.
