Żywność funkcjonalna różni się od zwykłej, konwencjonalnej żywności tym iż zawiera więcej składników dodatnio wpływających na zdrowie. Niektóre z nich są wprowadzone przez plantatora-hodowcę sztucznie, lecz nie mają nic wspólnego z modyfikacjami genetycznymi. Od 1996 roku realizowany jest europejski program badawczy Functional Food Science in Europe (FUFOSE). W pierwszej ocenie jego wyników pochodzącej z 1999 roku przyjęto, że żywność można uznać za funkcjonalną, jeśli udowodniono jej korzystny wpływ na jedną lub więcej funkcji organizmu ponad efekt odżywczy.
Jej wprowadzanie ma więc na celu poprawę stanu zdrowia oraz zmniejszenie ryzyka występowania niektórych chorób. Żywność ta musi nie różnić się przy tym postacią od żywności konwencjonalnej i wykazywać pozytywne działanie w takich ilościach w jakich spożywana jest zwykła żywność. Jej aktywność lecznicza powinna być przy tym udowodniona dobrze udokumentowanymi badaniami in vivo oraz klinicznymi na spożywających ją ochotnikach. Badania te muszą być prowadzone na odpowiednio dużej próbie, aby otrzymane wyniki były stabilne, miarodajne i obiektywne.
W produkcji żywności funkcjonalnej stosuje się takie techniki jak wzbogacanie np. kwasami nienasyconymi omega-3 czy wapniem, usuwanie np. produktów obróbki, które mogłyby być alergizujące bądź toksyczne, zwiększenie ilości czynników pozytywnych np. naświetlanie winogron promieniami UV, aby zwiększyć w nich ilość antyoksydantów, selekcję jak wybieranie odmian ryżu z wyższym poziomem żelaza czy witaminy B w łuskach czy rzepak zawierający wysokie stężenia karotenoidów.
Składniki dodawane do tego typu żywności muszą być przy tym najbardziej naturalne tj. pochodzące z substancji czynnych biologicznie lub biologicznych wyciągów witaminowych (aplikacją tego typu jest np. stosowanie wyciągów lub koncentratów pyłku pszczelego w słodyczach).
Poza tymi technikami stosuje się także rozwiązania zapobiegające utracie istotnych składników aktywnych biologicznie. Są to m. in. mikroenkapsulacja, czyli zamykanie istotnych cząstek stałych lub płynnych w powłoce, polimerowej lub biologicznej, impregnacja próżniowa polegająca na zamykaniu w próżni w porach żywności dodatkowych substancji aktywnych oraz stosowanie biofilmów i powłok do pokrywania żywności, które mogą zostać spożyte razem z nią. Powłoki te zapobiegają także wzrostowi patogenów na powierzchni żywności.
Substancje, jakie mogą wzbogacać żywność funkcjonalną to np. wielonienasycone kwasy tłuszczowe, mikro-i makroelementy, oligorasacharydy, błonnik pokarmowy, naturalne związki witaminowe, cholina, lecytyna, fitoncydy, poliole (sorbitol, ksylitol, mannitol), aminokwasy, peptydy i białka. Mogą się w niej znaleźć także prebiotyki, czyli substancje nie wchłaniające sie w górnym odcinku przewodu pokarmowego (np. fruktooligosacharydy), ułatwiające wzrost tak istotnych mikroorganizmów jelitowych jak bifidobakterie, probiotyki zawierające żywe mikroorganizmy oraz synbiotyki obejmujące obie te grupy
Obecnie nad rozwojem żywności funkcjonalnej pracuje kilka zespołów z całej Polski (m.in. z Olsztyna, Warszawy, Krakowa i Poznania). Stosunkowo najbardziej zaawansowane są prace zespołu naukowców z Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, kierowany przez prof. dr hab. Józefa Korczaka. Jak stwierdza kierownik projektu, celem prac jest wytworzenie nowego typu produktów spożywczych - zarazem prozdrowotnych, jak i leczniczych, przeznaczonych dla osób z konkretnymi schorzeniami np. cukrzycą, otyłością, nadciśnieniem czy anemią związaną z nieswoistym zapaleniem jelita. Istotne są zwłaszcza produkty pozwalające np. utrzymać poziom cholesterolu czy nawet go zmniejszyć.
Naukowcy, pracujący m.in. w ramach projektu " Nowa żywność bioaktywna o zaprogramowanych właściwościach prozdrowotnych", który otrzymał z Narodowego Centrum Badań i Rozwoju dofinansowanie w wysokości 40,5 mln zł przetestowali niemal wszystkie rosnące w Polsce odmiany zbóż, jabłek, buraków, aronii, kapusty i innych warzyw czy owoców. Testowanie samych buraków objęło 14 ich odmian.
Cały projekt zajął ponad 5 lat i zatrudnionych było przy nim około 100 naukowców z 6 różnych ośrodków badawczych. Obecnie gotowe są już produkty żywności funkcjonalnej: kasze, chleb, kisiele, soki, koncentraty, zupy i pasztety. Wszystkie te produkty były testowane; na końcowym etapie 600 chorych ze szpitali i programów leczniczych w Poznaniu zjadło kilka ton funkcjonalnej żywności. Badany był także jej wpływ na organizm przy okazji np. analiz moczu i krwi czy badań ogólnych wykonywanych w trakcie leczenia. Opinie zarówno pacjentów jak i prowadzących ich lekarzy były pozytywne i obecnie trwają ostatnie prace nad komercjalizacją badań poznańskich naukowców.
Żywność funkcjonalna jest przy tym bardzo przyszłościowa; według analiz unijnych Euromonitor rynek ten tylko w UE w 2020 roku będzie miał wartość ponad 40 mld euro i jest to jeden z najszybciej rozwijających się rynków żywnościowych na świecie. W Polsce jest to obecnie ok. 1,40 mld euro.