Ze względu na płynność finansową klienci firm spedycyjnych domagają się, by tę obniżoną stawkę stosować, jeśli tylko prawo przewiduje taką furtkę. Jednak niejednoznaczne przepisy niosą ryzyko odmiennych interpretacji służb skarbowych — dla importera i spedytora może to być początek kłopotów.
Specyficzny przypadek przy imporcie do UE z państw trzecich ma miejsce, gdy towar nie jest odprawiany przez firmę spedycyjną i dociera do wskazanego przez klienta miejsca przeznaczenia w tzw. tranzycie. Odbiorca towaru decyduje, czy odprawy celnej dokona sam lub z pomocą firmy zewnętrznej, czy też ze względu na swoje plany lub zmienną sytuację rynkową zamierza przetrzymać towar w magazynie celnym.
Zgodnie art. 2.ust.7 ustawy o VAT każdy przywóz towarów z państw trzecich na teren kraju (Rzeczpospolitej Polskiej) jest importem. Potwierdzają to interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 4 maja 2011 r. (sygn.IPPP3/443/200- 11-2/SM) i wyrok NSA z 6 listopada 2009 r. (sygn. Akt I FSK 300/09).
Wydawać by się zatem mogło, że w przypadku każdego importu spedytor może zastosować 0 proc.
VAT niezależnie od tego, czy u klienta następuje odprawa ostateczna, czy też towar wszedł na skład celny. Aby interes Skarbu Państwa był zabezpieczony, teoretycznie należałoby zwrócić tylko uwagę, czy SAD jest należycie wypełniony przez agenta celnego, czy są odpowiednio ujęte koszty świadczonych przez spedytora usług transportowych (pola 42 i 44).
Jeszcze pod koniec 2007 r. (interpretacja indywidualna dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie Nr IP-PP2-443/262/07-2/TLO z 7.12.2007) można było sądzić, że taki pogląd jest prawidłowy. Jednak późniejsze interpretacje indywidualne (np. dyrektora IS w Warszawie, IPP3/443-310/10-4/Mpe z 2010 r. i dyrektora IS w Katowicach IBPP2/443-361/08/ UH z 2008 r.) i ostatnie decyzje w sprawie odwołań po kontrolach wskazują jednoznacznie, że obecnie spedytor nie ma prawa zastosować stawki 0 proc. VAT przy usłudze przywozu towaru do magazynu celnego klienta w imporcie. Urząd powołuje się m.in. na to, że towar mógłby być po objęciu procedurą składu celnego powtórnie wywieziony poza teren UE bez konieczności dokonywania odprawy importowej.
Jeśli firma spedycyjna stosuje błędną, czyli 0 proc. stawkę VAT dla importu towarów do magazynu celnego klienta, to naraża na kłopoty nie tylko siebie, ale również klienta. Wyobraźmy sobie, że w wyniku zaleceń pokontrolnych Urzędu Skarbowego spedytor poprawia niewłaściwe praktyki, wystawiając klientowi jednorazowo setki faktur ze stawką VAT 23 proc. Może to doprowadzić do kłopotów z płynnością finansową firmę spedycyjną i klienta, nie mówiąc o dodatkowej żmudnej pracy finansowo-administracyjnej związanej z korektą dokumentów.