W razie wątpliwości izba skarbowa powinna zwrócić sprawę do urzędu skarbowego zamiast arbitralnie wydawać decyzje.
Spółka Domar-Bydgoszcz z Warszawy działa jako zakład pracy chronionej. Do listopada 2002 r. takie firmy miały preferencje podatkowe w podatku od osób prawnych (CIT), pod warunkiem że prowadziły inwestycje. Nowelizacją ustawy o CIT znoszącą te preferencje zajął się Trybunał Konstytucyjny i orzekł, że tam, gdzie inwestycje rozpoczęto w okresie 1999-2002, preferencje powinny być utrzymane.
Domar, utrzymując, że zaczął inwestycję w 1999 r., zwrócił się zatem o stwierdzenie nadpłaty w CIT za lipiec i sierpień 2002 r. w kwocie około 88 tys. zł. Otrzymał pozytywną decyzję urzędu skarbowego (US), który stwierdził, że zwrot nadpłaty się należy. Jednak Izba Skarbowa w Warszawie w grudniu 2005 r. wydała kolejną decyzję. Uznała, że decyzja US jest nieważna.
Dlaczego? Otóż jej zdaniem, uzasadnienie decyzji US było niewłaściwe. US nie zbadał, czy spółka rzeczywiście prowadziła inwestycje. Z tego powodu Domar nie powinien dostać zwrotu nadpłaty.
Domar odwołał się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (WSA) w Warszawie i wygrał. Sąd uchylił decyzję izby, co oznacza, że zajmie się ona sprawą jeszcze raz, zgodnie z wytycznymi WSA.
— Sąd zgadza się, że uzasadnienie decyzji US jest rzeczywiście wyjątkowo ogólnikowe — mówiła sędzia Jolanta Sokołowska.
Zdaniem WSA, nawet jeśli tak było, izba skarbowa nie miała prawa arbitralnie orzekać o sprawie.
— Mając wątpliwości, powinna zwrócić sprawę do US do ponownego rozpatrzenia. Wydała tymczasem de facto stanowisko wiążące, autorytatywne, że inwestycji nie było. W ten sposób naruszyła dwuinstancyjność postępowania — kontynuowała sędzia.
Wyrok jest nieprawomocny. Jeśli się uprawomocni, sprawa Domaru zapewne w końcu znajdzie się ponownie w US. Ten będzie musiał szczegółowo zbadać, czy inwestycja rzeczywiście była prowadzona czy nie.