Całkowite koszty tzw. rebalancingu, dokonywanego zwykle raz na kwartał, są porównywalne do wysokości opłat, jakie ETF pobierają od klientów. Utracone przez nich korzyścią w długim terminie są więc spore, a przyczyną jest fakt, że aktualizacja składu portfeli jest przewidywalna i wiedzę o tym wykorzystują inni uczestnicy rynku, wyprzedzając transakcje funduszy.
ETF muszą jednak regularnie dokonywać korekt, by dostosować się do zmian, zachodzących w portfelu indeksu, który naśladują.
Z badania, przeprowadzonego przez naukowców z Uniwersytety Illinois wynika, że większość notowanych w USA ETF nie tylko uprzedza o rebalancingu, ale także dokonuje transakcji o jednej godzinie w określone dni, by zminimalizować tzw. tracking error, czyli odchylenie od indeksu.