Po wyborach w 1989 r. okazał się jedynym reprezentantem strony solidarnościowej zdolnym do udźwignięcia odpowiedzialności za rząd przełomu. Stworzył polityczny parasol dla radykalnych przemian gospodarczych i społecznych, za co już w 1990 r. gorzko zapłacił — w wyborach prezydenckich przegrał nie tylko z Lechem Wałęsą, lecz również z populistą Stanem Tymińskim.
Mimo szoku nie odszedł z polityki, przewodniczył nowo utworzonej Unii Demokratycznej, a następnie Unii Wolności. Jego zdolności mediacyjne wykorzystała w konflikcie bałkańskim ONZ.
W 1997 r. czynne włączenie się Tadeusza Mazowieckiego do zredagowania spornej preambuły Konstytucji RP przełamało impas i umożliwiło jej uchwalenie.
W późniejszych latach emerytowany premier stał się niekwestionowanym autorytetem polskiej sceny politycznej. Od 2010 r. był doradcą prezydenta. Kawaler Orderu Orła Białego.