Dyskusja na temat funkcjonowania UE po rozszerzeniu trwa. Jak zwykle w przypadku decyzji na poziomie wspólnoty, ścierają się tu interesy państw członkowskich i kandydatów.
Jaki będzie przyszły podział kompetencji między Unią i państwami członkowskimi? Jaka ma być rola parlamentów narodowych? Jak wzmocnić pozycję Komisji Europejskiej? Czy Rada Unii Europejskiej powinna częściej podejmować decyzje większością głosów, a nie jednomyślnie?
Problemy te, kluczowe dla sprawnego funkcjonowania rozszerzonej Unii, nie zostały jeszcze rozwiązane. Przygotowywaniem reformy unijnych instytucji zajmuje się specjalnie powołany Konwent. Jednak ostateczne decyzje będą odbiciem poglądów państw członkowskich.
Spór toczy się między zwolennikami wzmacniania roli państw narodowych a entuzjastami idei wspólnotowej, czyli zapewnienia większej roli organom ponadnarodowym (Komisji Europejskiej i Parlamentowi Europejskiemu). Pytaniem zasadniczym jest to, czy Unia zwieńczy reformę podpisaniem traktatu konstytucyjnego czy też dokumentem o mniejszej randze.
Jedno nie ulega wątpliwości — rozstrzygające zdanie w procesie decyzyjnym zawsze będą miały państwa. Coraz częściej zresztą krytyka dosięga organów wspólnotowych, czyli Komisji Europejskiej i Parlamentu Europejskiego.
Niemcy, Francja, Wielka Brytania, Włochy czy Hiszpania dążą do zawiązania formy dyrektoriatu największych państw (awangardy), łącznie z możliwością wyboru stałego przewodniczącego (prezydenta) Rady Europejskiej. Mniejsze i słabsze państwa ciążą ku metodzie wspólnotowej. Osłabienie Komisji i Parlamentu Europejskiego popierają ci, którzy są pewni, że świetnie sobie poradzą w forsowaniu swoich interesów.
Bez względu na to, w jakim kierunku pójdą reformy, najważniejsze instytucje Unii przetrwają, choć mogą nieco zmienić się ich kompetencje.
Główną instancją decyzyjną w UE jest Rada Unii Europejskiej, choć nie pełni funkcji rządu.
Rada tworzy prawodawstwo dla Unii (niektóre decyzje podejmuje z parlamentem), ustala cele polityczne, koordynuje politykę gospodarczą, zawiera porozumienia międzynarodowe oraz podejmuje decyzje w kwestiach wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa. Obrady rady przygotowują ambasadorowie państw członkowskich w Komitecie Stałych Przedstawicieli (COREPER). Zadaniem Rady UE jest troska o szczególne interesy każdego państwa, które reprezentują w zależności od omawianej tematyki różni ministrowie (finansów, rolnictwa, gospodarki, środowiska).
Prace na forum rady opierają się na kompromisie. Jak zauważa Rafał Trzaskowski z Centrum Europejskiego Natolin, unijne standardy często są tak skomplikowane właśnie dlatego, że przy ich ustalaniu bierze się pod uwagę zastrzeżenia wszystkich państw.
Podkreśla on, że wbrew obiegowym opiniom, Unia nawet jeśli forsuje harmonizację, nie czyni tego za cenę rezygnacji z narodowych preferencji. Absurdy, takie jak zakwalifikowanie dżemu z marchewki jako produktu owocowego czy określenie parametrów ogórka, są po prostu wynikiem gry interesów państw. W taki sposób producenci, poprzez nacisk na rządy, chronią swoje interesy. Niekiedy przybiera to formy karykaturalne, ale jest to skutek raczej nadmiaru troski o poszanowanie interesów państw niż wynik „biurokratycznej ingerencji Brukseli”.
Rada podejmuje uchwały jednomyślnie, kwalifikowaną lub zwyczajną większością głosów. W głosowaniu większością kwalifikowaną (najpopularniejszym) podział głosów odpowiada liczbie mieszkańców i pozycji gospodarczej. Nowy podział przewiduje 345 głosów. Niemcy, Francja, Wielka Brytania i Włochy będą miały po 29, Hiszpania i Polska po 27, a np. Belgia — 12 czy Finlandia — 7. Polska będzie pożądanym członkiem wielu koalicji.
Konwent rozmyśla też nad tym, czy nie zmienić systemu obowiązującego półrocznego przewodnictwa w radzie — prezydencji.
Sprawy szczególnej wagi lub te, których nie udało się rozstrzygnąć na forum Rady UE, trafiają na stół obradującej co najmniej dwa, a bywa, że nawet cztery razy w roku — Rady Europejskiej. Tworzą ją przewodniczący komisji oraz głowy państw członkowskich. Towarzyszą im ministrowie spraw zagranicznych. Rada w znacznym stopniu przejęła od Komisji Europejskiej funkcje motora wspólnoty, który przez dwa dni sesji, pozbawiony rzeszy urzędników, może w miarę szybko podjąć decyzje. Spotkania na szczycie odbywają się w państwach sprawujących przewodnictwo w Radzie UE, a głowa państwa z tego kraju zostaje przewodniczącym szczytu. Ujemną stroną regularnych spotkań premierów (w przypadku Francji — prezydenta) jest opóźnianie podejmowania decyzji w wielu mniej ważnych sprawach technicznych, które mogłyby być rozstrzygnięte na niższym szczeblu.
Rada Europejska wyznacza najważniejsze cele rozwoju UE oraz podejmuje najistotniejsze decyzje polityczne.
Najważniejszą instytucją ponadnarodową UE jest Komisja Europejska. Jest ona organem wykonawczym wybieranym na pięć lat. Jej członkowie nie mogą reprezentować interesów narodowych.
Komisja zbiera się w każdą środę rano, a decyzje są zatwierdzane na podstawie głosowania większościowego.
Komisja proponuje Radzie UE oraz Parlamentowi Europejskiemu propozycje aktów prawnych (które są poprawiane, ale rzadko odrzucane), czuwa nad wypełnianiem rozporządzeń i dyrektyw, które także sama może wydawać. Szczególną rolą komisji jest to, że tylko ona może występować z inicjatywą ustawodawczą we wszystkich kwestiach dotyczących wspólnotowych polityk. Na jej barkach spoczywa także zarządzanie budżetem UE oraz funduszami strukturalnymi. Komisja nadzoruje też realizację prawa wspólnotowego przez państwa członkowskie.
Autonomia przysługuje komisji tylko w polityce konkurencji, w której pełni rolę swoistego organu antymonopolowego i nadzoruje udzielanie pomocy publicznej.
Komisja Europejska składa się z 20 członków, po dwóch z większych państw (Francji, Hiszpanii, Niemiec, Wielkiej Brytanii i Włoch) i po jednym z pozostałych krajów, oraz przewodniczącego, którym jest Romano Prodi, były premier Włoch. Na mocy traktatu z Nicei (2000 r.) po rozszerzeniu, dopóki UE nie przekroczy 27 członków, każde państwo będzie miało prawo do jednego komisarza. Przewodniczący komisji będzie odpowiedzialny nie tylko za wybór współpracowników z listy przedstawionej mu przez rząd każdego państwa, ale także za rozdział zadań w komisji.
Parlament Europejski, który miał być instytucją demokratyczną reprezentującą wszystkich obywateli UE, ma symboliczne znaczenie. Nieco wzmocnione w ostatnich latach kompetencje sprowadzają się do funkcji doradczych i kontrolnych, w postaci np. prawa do zadawania komisji pytań czy odrzucenia rocznego budżetu. Chociaż parlament ma prawo odwoływać komisję, jest to w dużej mierze uprawnienie czysto teoretyczne.
Rola ustawodawcza parlamentu sprowadza się do doradztwa. Traktaty wyznaczyły wielką liczbę dziedzin, w których Rada Ministrów nie może podjąć inicjatyw ustawodawczych bez konsultacji z parlamentem. Do niedawna największym uprawnieniem parlamentu była konieczność zatwierdzenia budżetu UE. Odmówił jego przyjęcia trzykrotnie, ale ostatnio po desperackiej próbie zmiany stawek przewidzianych dla nowych członków, uległ naciskom rady i komisji, a jego rola i tu bardzo osłabła. W zasadzie co roku ożywa konflikt między żądaniami rady i parlamentu. Ten drugi niezmiennie opowiada się za większym budżetem, a rada m.in. za mniejszymi wydatkami na rolnictwo.
Największym mankamentem, który jeszcze bardziej utrudnia funkcjonowanie tej instytucji, jest prowadzenie prac w trzech miastach. Comiesięczne sesje plenarne odbywają się w wynajmowanym od miasta gmachu w Strasburgu (z dodatkowymi spotkaniami w Brukseli), większość komitetów zbiera się w stolicy Belgii, a główna część sekretariatu znajduje się w Luksemburgu. Taka mozaika nie ułatwia pracy i jeszcze bardziej podnosi koszty i tak rozdmuchanych wydatków, liczonych na blisko 1 mld EUR rocznie. Rządy Francji i Luksemburga, które czerpią olbrzymie profity z takiego stanu, sprzeciwiają się połączeniu siedziby.