W przypadku projektów współfinansowanych z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego podatek VAT z reguły nie stanowi wydatku kwalifikowanego.
Wyjątkiem jest sytuacja, gdy jest on oryginalnie płacony przez końcowego beneficjenta lub indywidualnego odbiorcę i nie może być odzyskany. VAT nie może zostać zakwalifikowany do objęcia pomocą także wtedy, gdy beneficjent nie skorzystał z przysługującej mu możliwości odzyskania podatku. Nie ma w tym przypadku znaczenia, czy beneficjent jest podmiotem publicznym czy prywatnym. Ponadto, aby podatek VAT mógł zostać zaliczony do kosztów kwalifikowanych, przepisy uniemożliwiające jego odzyskanie muszą być zgodne z VI Dyrektywą Rady 77/388/EWG dotyczącą VAT.
Szczegółowe przepisy dotyczące kwalifikowania wydatków można znaleźć w aneksie do rozporządzenia Rady 448/2004 z 10 marca 2004 r.
Autor jest konsultantem w Dziale Doradztwa Europejskiego Ernst & Young