Obecnie przedsiębiorcy rozliczający się wg 19 proc. stawki CIT realnie mogą odliczyć 5,7 proc. kosztów osobowych oraz 3,8 proc. (małe i średnie przedsiębiorstwa) lub 1,9 proc. (duże firmy) pozostałych kosztów, m.in. materiałów i surowców bezpośrednio związanych z działalnością B+R, opinii, ekspertyz i badań zakupionych od jednostek naukowych. Na nowelizacji ustawy o innowacyjności najwięcej skorzysta sektor MSP. Zgodnie z przyjętym projektem ustawy, małe i średniej wielkości firmy będą mogły realnie zaoszczędzić 9,5 proc. kosztów zatrudnienia pracowników B+R oraz pozostałych kosztów. Sektor MSP zyska też możliwość odliczenia kosztów uzyskania patentu na wynalazek oraz prawa ochrony wzoru użytkowego i przemysłowego. Z kolei duże firmy odliczą 9,5 proc. kosztów osobowych i 3,8 proc. pozostałych kosztów. Choć zmiany idą w dobrym kierunku, warto zauważyć, że już teraz w Czechach i na Węgrzech realne odliczenie wynosi 19 proc., na Litwie, a we Francji 30 proc., w Wielkiej Brytanii jest to 26 proc. dla MSP i 11proc. dla dużych firm.

Dobrym pomysłem jest zobligowanie uczelni do przeznaczania na komercjalizację badań 0,5 proc. swoich środków finansowych na utrzymanie potencjału badawczego. Dzięki temu, pomysły naukowe będą wdrażane w firmach, co pozytywnie wpłynie na współpracę nauki i biznesu. W przypadku jednostek naukowych działających w kluczowych branżach, poziom nakładów na komercjalizację badań mógłby być większy, aby promować strategiczne sektory gospodarki.
W projekcie nowelizacji brakuje poszerzenia katalogu kosztów kwalifikowanych o nabycie narzędzi bezpośrednio związanych z B+R czy sprzętu laboratoryjnego, który nie spełnia wymogu środka trwałego. Przykładowo, w przetwórstwie tworzyw sztucznych prototyp nowego produktu (składającego się z surowców) nie może powstać bez formy do odlewania. W tym wypadku to zakup matrycy jest droższy niż zakup surowca i ma większy udział w koszcie produkcji prototypu. Dzisiejsze przepisy ograniczają odliczenie kosztów zatrudnienia osób rzeczywiście realizujących działania B+R. Przepis stanowi, iż uldze podlegają koszty pracowników „zatrudnionych w celu realizacji działalności B+R”, co budzi wątpliwości interpretacyjne. Wynagrodzenia pracowników, wykonujących regularną działalność firmy, ale częściowo delegowanych do prac B+R, powinny również zostać objęte ulgą. „Mała ustawa o innowacyjności” to doskonała okazja, aby zastąpić określenie „zatrudnionych w celu realizacji działalności B+R” na „realizujących działalność B+R”. Z kolei objęcie ulgą przedsiębiorstw prowadzących działania B+R w Specjalnych Strefach Ekonomicznych, mogłoby wpłynąć na wzrost pozycji Polski w rankingach innowacyjności.
Obiecująco zapowiada się „Duża ustawa o innowacyjności”, przewidziana na 2018 r., która zakłada m.in. wprowadzenie statusu „innowacyjnego przedsiębiorstwa” uprawniającego do większych odliczeń podatkowych, a także zmniejszenie opodatkowania przychodów z innowacji (Patent Box). Według zapowiedzi, ewidencjonowanie kosztów B+R będzie łatwiejsze, a kontrole podatkowe zastąpi audyt. Choć zbyt duży poziom ogólności uniemożliwia ocenę projektu nowelizacji, jest szansa, że ustawa wprowadzi realne zachęty dla inwestujących w innowacje. Pamiętajmy, że prowadzenie działalności B+R to wyzwanie. Aby mu sprostać firmy potrzebują naprawdę atrakcyjnych ulg podatkowych. Stworzenie odpowiednich warunków zachęci polskich przedsiębiorców do prowadzenia prac B+R, a zagraniczne firmy do inwestowania w Polsce, a to przełoży się na rozwój polskiej gospodarki.