Najwyższa Izba Kontroli (NIK) pozytywnie oceniła wykorzystywanie środków w ramach programu Phare 2001 „Spójność społeczno-gospodarcza — rozwój małych i średnich przedsiębiorstw”. Kontrolę prowadzono w 5 województwach (mazowieckim, zachodniopomorskim, kujawsko-pomorskim, wielkopolskim, dolnośląskim) i objęto nią lata 2003-05 (do 31 maja 2005 r.). Skontrolowano 29 przedsiębiorstw, które otrzymały dotacje, 5 regionalnych instytucji finansujących oraz Polską Agencję Rozwoju Przedsiębiorczości. Ocena NIK jest pozytywna, mimo że 19,2 proc. budżetu programu (12,3 mln EUR z 64,2 mln EUR pochodzących z Funduszu Dotacji Inwestycyjnych) nie zostało wykorzystanych i wróciło na rachunek Komisji Europejskiej (KE). Izba wyjaśnia, że przyczyny tej sytuacji leżą nie po stronie polskich przedsiębiorców ani urzędników odpowiedzialnych za wdrażanie programu, ale spowodowane są przez skomplikowane wymagania formalne KE.