W przypadku połączenia spółek przez przejęcie nowy pracodawca, czyli spółka przejmująca pracowników, przejmuje także obowiązek poboru zaliczek na ten PIT oraz wszelkie inne zobowiązania związane z rozliczaniem tego podatku.
— Nowy pracodawca musi kontynuować te obowiązki — przypomina Aleksandra Bembnista, konsultant w Zespole Zarządzania Wiedzą działu prawno-podatkowego PwC, przywołując interpretację indywidualną wydaną w tej sprawie niedawno przez dyrektora Izby Skarbowej w Poznaniu (nr ILPB2/415-663/13-3/ES, serwis taxonline.pl). Sprawa dotyczyła spółki z ograniczoną odpowiedzialnością (z o.o.), która zamierzała dokonać połączenia przez przejęcie z inną spółką z o.o. Zgodnie z przepisami, spółka przejmująca po akwizycji będzie zobowiązana do złożenia swojemu urzędowi skarbowemu jednej rocznej deklaracji PIT-4R, w której płatnik wpisuje dane o zaliczkach na PIT pobranych od pracowników.
Podatnicy nie otrzymują tego dokumentu. Im pracodawca musi wystawić PIT-11, czyli informację o uzyskanych przez nich dochodach i podatku odprowadzonym przez pracodawcę w ciągu roku. Poznańska skarbówka w wydanej interpretacji podkreśliła, że w tym przypadku PIT-11 powinien objąć również zaliczki, które były pobrane przez spółkę przejmowaną. W konsekwencji zarówno pracownicy, jak i ich urzędy skarbowe otrzymają jedną informację PIT-11 za cały rok podatkowy od spółki, która ich przejęła w ciągu roku.